Modélisation et vérification des réseaux de Petri hybrides temporisés : application à la métamorphose amphibienne

Modeling and verification of timed hybrid Petri nets : application to amphibian metamorphosis

• Auteur / Autrice : Sylvie Troncale
• Direction : Gilles Bernot, Jean-Paul Comet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique
• Date : Soutenance le 12/09/2008
• Etablissement(s) : Evry-Val d'Essonne
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole doctorale des Génomes aux organismes (Versailles ; 2000-2015)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Bruno Bost, Nicolas Pollet, Philippe Tracqui
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Alexander Bockmayr, François Fages

Mots clés

Mots clés contrôlés

Biologie systémique

Petri, Réseaux de

Amphibiens -- Métamorphose

Mots clés libres

Méthodes de model-checking

Model-checking methods

Résumé

Le formalisme des réseaux de Petri hybrides fonctionnels, notés HFPN pour Hybrid Functional Petri Nets en anglais, a démontré sa capacité à simuler les systèmes biologiques. L’inconvénient d’un formalisme aussi expressif est la difficulté d’exécuter des vérifications de propriétés dynamiques. Dans cette thèse, nous proposons une procédure de model-checking pour les réseaux de Petri hybrides temporisés, notés THPN pour Timed Hybrid Petri Nets en anglais, une sous-classe des HFPN. Cette procédure est basée sur la traduction du modèle THPN et de la propriété étudiée en automates temps-réel. Ceci est alors appliqué pour modéliser les régulations responsables de la métamorphose amphibienne.

The formalism of Hybrid Functional Petri Nets (HFPN) has proved its convenience for simulating biological systems. The drawback of the noticeable expressiveness of HFPN is the difficulty to perform formal verifications of dynamical properties. In this thesis, we propose a model-checking procedure for Timed Hybrid Petri Nets (THPN), a sub-class of HFPN. This procedure is based on the translation of the THPN model and of the studied property into real-time automata. It is applied to model regulations responsible for amphibian metamorphosis.