Gestion des bases de données biologiques sur grilles de calcul

Liological databases management on computing grids

• Auteur / Autrice : Gaël Le Mahec
• Direction : Frédéric Desprez
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Clermont-Ferrand 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bases de données -- Gestion

Bases de données -- Conception

Bioinformatique

Grilles (analyse numérique)

Biologie -- Informatique

Résumé

L'utilisation de la grille pour la recherche en biologie et bioinformatique est un atout considérable, cependant de nouvelles problématiques apparaissent quant à la gestion des données ainsi que dans l'ordonnancement des tâches qui doit prendre en compte la taille et la disponibilité des données. Cette thèse aborde ces problématiques nouvelles en prenant en compte les spécificités des bases de données biologiques pour une utilisation efficace de la grille. Nous montrons l'intérêt des approches semi-statiques joignant réplications de données et ordonnancement des tâches. La mise en place d'une plateforme de soumission de requêtes BLAST a mené à la conception d'un nouveau gestionnaire de données pour l'intergiciel DIET : DAGDA. Au delà des applications de bioinformatique, ce gestionnaire de données peut répondre aux besoins de nombreuses applications portées sur les grilles de calcul