Etude pluridisciplinaire des populations de truite commune (Salmo trutta L. ) des torrents haut-savoyards soumises à repeuplement : diversité intra-spécifique, évaluation de pratiques de gestion et ingénierie de la conservation de populations natives

A multidisciplinary study of brown trout (Salmo trutta) populations submitted to stocking in the Haute-Savoie Department : intraspecific diversity, assessment of management practices and engineering of the conservation of native populations

• Auteur / Autrice : Arnaud Caudron
• Direction : Henri Persat, Alexis Champigneulle
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biodiversité, écologie, environnement
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Chambéry
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale sciences et ingénierie des systèmes, de l'environnement et des organisations (Chambéry2007-2021)
• Jury : Président / Présidente : Dominique Fontvieille
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Luc Baglinière, René Guyomard
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Rémi Chappaz

Mots clés

Mots clés contrôlés

Marquage

Empoissonnement

Conservation

Génétique

Truite de mer

Haute-Savoie (France)

France

Truites

Mots clés libres

Population autochtone

Fluoromarquage otolithe

Stratégie de gestion

Résumé

Le premier volet du présent travail décrit (microsatellites de l' ADN) la diversité génétique des populations de truite (Salmo trutta) sur l'ensemble du réseau hydrographique de la Haute-Savoie et des principaux stocks de pisciculture utilisés pour le repeuplement. L'analyse de 163 secteurs a permis de localiser onze zones abritant encore des populations natives d'origine méditerranéenne. L'étude de la structuration génétique de ces populations natives a conduit à déterminer six unités de gestion génétiquement différenciées devant être gérées comme des entités indépendantes. Le deuxième volet s'attache à décrire les pratiques de repeuplement et à évaluer en vraie grandeur et à large échelle spatiale la contribution du repeuplement et du recrutement naturel. Pour ce faire, le fluoromarquage des otolithes à l'alizarine redS a été développé pour marquer près de 3 millions d'alevins par an pendant trois ans. L'étude met en évidence une contribution dominante du recrutement naturel dans les populations en place comme dans les captures par pêche à la ligne. Les résultats montrent, sans pouvoir identifier les causes, une forte variation spatiale et temporelle de la contribution des repeuplements et ce y compris lorsque les pratiques ne changent pas. La troisième partie présente des suivis temporels visant à évaluer les effets génétiques de différentes stratégies de conservation et de réhabilitation de populations natives. Les résultats de ces suivis permettent d'apporter des éléments d'aides à la décision aux gestionnaires des populations confrontés à diverses situations.

In the first part, the genetic diversity of wild brown trout (Salmo trutta) populations is described (by analysis of microsatelittes of the ADN) on the whole hydrographic network of the Haute-Savoie. The main hatchery strains used to stock the rivers were studied too. The analysis of 163 river sectors allowed the location of eleven zones still harbouring native populations of the mediterranean lineage. The genetic structuration of these native populations allowed to determine six different management units. The second part presents a description of the stocking practices and an assesment, at large scale, of the respective contribution of stocking and natural recruitment. For that, the otolith fluoromarking method with Alizarin RedS was used to mark about 3 millions of fry by year during three years. The study has shown a higher contribution of the natural recruitment than stocking in standing population and in catches by anglers. The result showed, without knowing the reasons, high spatial and temporal variabilities of stocking contribution and that despite using the same restocking procedures. To finish, temporal studies were developped to evaluate the genetic effects of several strategies aimed to conserve and/or to rehabilite native populations. The results allow to help fishery managers to better conserve and restore native populations of brown trout.