Thèse soutenue

Les communautés Archaea du plancher océanique : de la surface à une biosphère profonde et chaude ?
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Auteur / Autrice : Erwan G. Roussel
Direction : Marie-Anne Cambon-Bonavita
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Microbiologie
Date : Soutenance en 2008
Etablissement(s) : Brest

Mots clés

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Résumé

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La biosphère de sub-surface océanique représente les deux tiers de la biomasse de la Terre. Ces importantes populations microbiennes enfouies sous la surface du plancher océanique jouent un rôle clé dans les cycles biogéochimiques. Bien que la profondeur maximale de cette biosphère de sub-surface ne soit toujours pas déterminée actuellement, celle-ci serait limitée par des facteurs physico-chimiques tels que la température ou l’absence de source d’énergie. Certains microorganismes non-cultivés du domaine des Archaea jouent probablement un rôle majeur dans l’écosystème sédimentaire marin profond et hydrothermal. Afin de contourner les limitations des approches culturales, les outils moléculaires sont principalement utilisés pour l’étude des communautés microbiennes de la biosphère profonde. Ainsi, dans le but de déterminer les facteurs environnementaux contrôlant la distribution des Archaea dans la biosphère profonde océanique, ce travail de recherche a comparé la diversité moléculaire (ARNr 165 et les gènes codant pour des enzymes spécifiques de différentes voies métaboliques) associée à quatre écosystèmes différents de subsurface les sédiments marins profonds côtiers, océaniques, ceux des marges continentales, et l’environnement hydrothermal. Ce travail de recherche a permis (i) de caractériser la distribution des communautés d’Archaea dans différents contextes biogéochimiques, (ii) de mettre en évidence de nouveaux phylotypes, (Hi) de proposer une nouvelle définition de la sub-surface profonde (iv) d’étendre la profondeur de la biosphère marine profonde jusqu’à au moins 1626 m sous la surface du sédiment.