Candidoses en réanimation chirurgicale : stratégie préemptive, écologie moléculaire et émergence de résistances

• Auteur / Autrice : Frédéric Grenouillet
• Direction : Laurence Millon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences vie santé
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Besançon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Homme, environnement, santé (Besançon2000-2012)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Écologie moléculaire

Antifongiques

Candida

Maladies infectieuses

Réanimation

Chirurgie

Résumé

La physiopathologie des candidoses invasives peut être schématisée en 3 étapes successives : colonisation de la muqueuse par Candida, invasion des muqueuses puis translocation et dissémination hématogène. Les patients de réanimation sont exposés à de nombreux facteurs de risques, qui favorisent l'une ou l'autre de ces étapes. De nombreuses études ont tenté de définir une stratégie de prévention optimale de ces infections en réanimation. L'étude de Pittet et collaborateurs (Ann Surg 1994 ; 220 : 751-8) a démontré le lien entre intensité de la colonisation, mesuré au travers d'index de colonisation (IC) et d'index de colonisation corrigé (ICC), et survenue de candidoses. Depuis octobre 2000, nous avons contribué à la mise en place d'une stratégie de dépistage systématique de la colonisation des patients de réanimation chirurgicale et de traitement antifongique préemptif des patients fortement colonisés (fluconazole 400 mg/j 2 semaines si ICC > ou = 0,4). Au terme d'une étude avant/après intervention (prospectif 2 ans versus série historique 2 ans), nous avons montré l'intérêt de cette stratégie de traitement préemptif ciblé en terme de réduction des candidoses systémiques et profondes (3,8 % versus 7 %, p = 0,03), particulièrement des infections acquises en réanimation (0 % versus 2,2 %, p < 0,001). Aucune émergence de levures résistantes aux azolés n'avait été notée au cours des 2 premières années. La poursuite de cette stratégie préemptive imposait la mise en place d'une surveillance épidémiologique continue des espèces de levures potentiellement résistantes aux azolés (Candida krusei, Candida Glabrata). Nous avons ainsi mis en place et évalué des outils de typage moléculaire de ces deux espèces, en associant profil PCR CKRS-1 et polymorphisme du microsatellite CKTNR pour C. Krusei, en développant et optimisant l'analyse du polymorphisme de microsatellites pour C. Glabrata (10 marqueurs, dont 7 développés au laboratoire). L'application de ces outils sur les isolats fongiques collectés de façon séquentielle en réanimation, a permis de montrer que dans 90 % des cas, les patients colonisés par C. Krusei ou C. Glabrata dès l'admission, qu'ils conservaient leur(s) propre(s) souche(s) tout au long du séjour sans transmission croisée inter-patient, et qu'aucun clone épidémique d'une de ces deux espèces n'avait été sélectionné. Ainsi, l'impact éventuel de la pression de sélection par le fluconazole apparaît, non pas visible à l'échelon collectif, mais potentiellement restreint aux patients directement traités par azolé. Une surveillance prospective de 3 ans de l'émergence de résistance aux azolés chez C. Glabrata en réanimation a permis d'étudier 39 patients, dont 33 traités par azolés à fortes posologies. 27 % des exposés (9/33) ont vu leur souche de C. Glabrata acquérir une résistance au fluconazole après 6 à 42 jours d'exposition, résistance par ailleurs croisée à tous les autres azolés. Seule la présence de drains abdominaux colonisés à C. Glabrata au moment de l'instauration du traitement antifongique est significativement associé à l'acquisition de résistance (4/5 vs 0/7 p = 0,01). La mise à disposition des cliniciens des données de colonisation des patients de réanimation à haut risque de candidoses et leur intégration dans les choix thérapeutiques, la meilleure compréhension de l'épidémiologie de C. Krusei ou C. Glabrata et des phénomènes d'acquisition de résistance permet d'optimiser au quotidien la prise en charge du risque fongique et l'utilisation des antifongiques en réanimation, tout en limitant la pression de sélection et son impact écologique, qui nécessite une surveillance active permanente.