Thèse soutenue

Identification moléculaire et génotypage des mycobactéries du complexe Mycobactérium tuberculosis

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Auteur / Autrice : Zoheira Djelouadji
Direction : Michel Drancourt
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Maladies transmissibles et pathologies tropicales
Date : Soutenance en 2008
Etablissement(s) : Aix-Marseille 2
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille2008-2018)

Mots clés

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Résumé

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Le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC) est composé de sept espèces, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, Mycobacterium canettii, Mycobacterium microti, Mycobacterium caprae et Mycobacterium pinnipedii responsables de tuberculose humaine et animale. Ces espèces montrent une valeur d’hybridation ADN:ADN ≥ 90% et une moyenne d’identité nucléotidique ≥ 99%. La séquence des gènes ARNr 16S et rpoB ne permet pas de les dissocier. Ces données suggèrent que les membres du MTC forment une espèce bactérienne unique comprenant des clones préférentiels de certains hôtes. La transmission inter-espèce des clones du MTC est favorisée par les possibilités de contacts entre les différentes espèces de mammifères. Plusieurs familles génétiques de M. Tuberculosis, responsables d’épidémies majeures ont été identifiées, telle que la famille Beijing qui est très répandue dans les pays d'Asie et se répand dans le monde entier avec des clones hyper-virulents suite à la perte de certains gènes. L’identification des espèces du MTC repose actuellement sur quelques caractères phénotypiques et la détection de polymorphismes spécifiques d’espèce dans certains gènes. L’identification repose aussi sur la variation du nombre de tandem repeats (VNTR) ou d’unités mycobactériennes répétées (MIRU). Ces derniers sont aussi utilisés pour le génotypage qui repose sur l’analyse de profile de restriction ou d’amplification. Ces méthodes sont longues et exigent une grande quantité de matériel bactérien. Dans ce travail, nous avons développé le séquençage de l’exact tandem repeat D (ETR-D) comme méthode d'identification des espèces du MTC. Cette méthode est un nouvel outil d’identification rapide. Nous avons ensuite mis au point le génotypage de M. Tuberculosis par Multispacer Sequence Typing (MST), méthode basée sur le séquençage de plusieurs régions intergéniques. La méthode s'est avérée être sensible, précise et reproductible et a permis l’assignement des isolats dans des lignées phylogéographiques. La méthode MST a contribué à résoudre un épisode de contamination croisée dans le laboratoire ainsi qu’à élucider la transmission nosocomiale dans un service de pédiatrie. L’identification et le génotypage du MTC sont maintenant transférés en routine dans le diagnostic du laboratoire. Notre travail sert de base au développement de nouvelles technologies.