Etude du rôle de la protéine NCp7 dans le mécanisme d'hybridation de la séquence PBS lors du second saut de brin de la transcription inverse de VIH-1

Study of the role of the NCp7 protein in the mechanism of PBS sequence annealing during the second strand transfer of the HIV-1 reverse transcription

• Auteur / Autrice : Nick Ramalanjaona
• Direction : Yves Mély
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéines nucléocapside

Transcription inverse

Phénomènes physiologiques viraux

Conformation moléculaire

Protéines virales

Cinétique chimique

Molécules chaperonnes

Spectroscopie de fluorescence

VIH (virus)

Résumé

La protéine NCp7 est une cible potentielle de choix pour une thérapie anti-VIH car elle est impliquée dans de nombreuses étapes du cycle viral, et sa séquence est hautement conservée. En combinant les techniques de spectroscopie de fluorescence et de RMN, nous avons montré que NCp7 modifie la conformation de la boucle de PBS et déstabilise l’extrémité supérieure de la tige. De ce fait, NCp7 active l’hybridation de PBS en stimulant la formation de complexes boucle-boucle, alors qu’en absence de protéine l’extrémité protrudente constitue le site principal de nucléation. Les modifications de la boucle de PBS induites par NCp7 permettent la formation d’homodimères qui jouent probablement un rôle dans la variabilité génétique du virus. Les propriétés spectroscopiques de la 8-vinyl-déoxyadenosine, un analogue fluorescent de l’adénine, ont été étudiées. Par ses propriétés, cette sonde apparaît supérieure à la 2-AP.

The NCp7 protein is a potential target for an anti-HIV therapy since it is involved in numerous stages of the viral cycle, and its sequence is highly conserved. By combining fluorescence spectroscopy and RMN techniques, we showed that NCp7 modifies the conformation of the PBS loop and destabilizes the upper extremity of the stem. Therefore, NCp7 activates the PBS annealing by stimulating the formation of “kissing complexes”, while in absence of protein, the protruding extremity constitutes the main nucleation site. The modifications of PBS loop inferred by NCp7 also allow homodimers of PBS, which probably play a role in the genetic variability of the virus. The spectroscopic properties of the 8-vinyl-déoxyadenosine, a fluorescent analogue of the adenine, were studied. By its properties, this probe seems superior to the 2-AP.