L'influence des circulations hydrologiques sur la structure des communautés bactériennes à l’interface sol-nappe

Hydrological fluxes influence on microbial community structure at the interface soil-watertable

• Auteur / Autrice : Nolwenn Bougon
• Direction : Luc Aquilina, Philippe Vandenkoornhuyse
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la Terre
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Rennes 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Nitrates

Biogéochimie

Hydrologie

Protéomique

Écologie microbienne

Résumé

Les relations entre les flux hydrologiques et le fonctionnement de l’écosystème sont abordées par 3 axes: l’influence des flux verticaux sur l’activité et la structure des communautés bactériennes réduisant les nitrates (gène narG) ; des flux verticaux sur la structure des communautés bactériennes taxonomiques (gène de l’ARNr 16S) et fonctionnelles (gène narG) ; et des modifications des paramètres de forçage sur l’expression protéique par une approche Métaprotéomique. Les analyses de diversités ont été réalisées par une approche de T-RFLP, complétées par une approche phylogénétique sur le gène de l’ARNr 16S. L’importance des circulations hydrologiques sur les communautés bactériennes a été confirmée en agissant directement sur la structure des communautés ou indirectement par la distribution de ressources. Le protéome des cellules exposées à deux sources de carbones ont été montré comme significativement différents, suggérant une réponse différentielle suivant la nature de la pollution induite. De plus la nature du carbone est un facteur primordial pour réduire efficacement les nitrates.

The relationships between water-fluxes and ecosystem functioning were addressed by three axes: (1) influence of horizontal fluxes on the structure of nitrates’ reducers community (narG gene); (2) influence of vertical fluxes on the structure of taxonomic (16S rRNA gene) microbial community and nitrates’ reducers (narG gene) more specifically; and (3) influence of the modifications of ‘forcing’ parameters on proteins expressions. Diversity analyses were performed by a T-RFLP approach, and completed by phylogeny on the 16S rRNA gene. The importance of hydrological fluxes on microbial communities was confirmed by acting directly on the community structure or indirectly by resource distribution. The proteome of exposed bacterial cells to two carbons sources were shown as significantly different, suggesting a differential response face to the nature of pollution. Moreover, the carbon nature is a fundamental parameter to an efficiency nitrate removal.