Dynamique des hélitrons dans le génome d'arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables

Dynamic of helitrons in the genome of arabidopsis thaliana : development of analysis methods of transposable elements

• Auteur / Autrice : Sébastien Tempel
• Direction : Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie. Bioinformatique
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Rennes 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Régulation (biologie)

Optimisation combinatoire

Bioinformatique

Arabidopsis thaliana

Transposons

Résumé

Les hélitrons sont des éléments transposables prédominants chez Arabidopsis. Nous avons développé un modèle syntaxique pour les détecter exhaustivement dans le génome. Nous avons ensuite démontré la relation autonome-nonautonome des hélitrons et découvert de nouvelles familles. L'observation de leur séquence interne montre une grande variabilité. Nous avons ainsi développé un nouvel outil DomainOrganizer qui permet de visualiser la modularité des éléments transposables non autonomes. Cette étude a permis de comprendre l'évolution d'une famille d'hélitrons. Enfin, nous avons commencé à appréhender le rôle régulateur des hélitrons.

Helitrons are the main transposable element in Arabidopsis. We are developped a new syntactical model for detect them in genome. We have shown the relationship between autonomous and nonautonomous helitrons and discovered new families. Analysis of their internal sequence shows a strong variability. We have also created a new tool nammed DomainOrganizer which can visualize the modularity of nonautonomous transposable elements. This study have permit to understand the evolution of helitron family. Last, we have begin to understand the regulatory effect of helitrons.