Thèse soutenue

Identification et typage par (micro) spectroscopie IRTF des levures du genre Candida d'origine clinique

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Auteur / Autrice : Mohammed Essendoubi
Direction : Dhruvananda Ganesh Sockalingum
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Pharmacie. Biophysique
Date : Soutenance en 2007
Etablissement(s) : Reims

Résumé

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L'@apport de la (micro)spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) à la différenciation et l’identification des levures du genre Candida isolés en milieu clinique a été évalué. Nous avons appliqué cette technique d’une part à l'identification de 96 souches appartenant à 6 espèces de Candida les plus fréquentes en clinique, d'autre part au typage de 3 espèces (albicans, glabrata et parapsilosis). Les résultats montrent que la différenciation des espèces est possible à partir des suspensions et des microcolonies. Une base de données comprenant 180 spectres de Candida appartenant à ces 6 espèces a été construite. A l'aide de souches inconnues, nous avons testé le potentiel de la méthode comme outil d'identification en routine. Pour 4 des espèces, un taux d’identification de 100% a pu être atteint. Le taux inférieur observé pour les deux autres espèces est expliqué par le manque de spectres représentatifs de ces espèces dans la base de données. Pour le typage, deux applications cliniques ont été menées : un suivi longitudinal de souches de C. Glabrata chez un patient hospitalisé en service de réanimation et un suivi épidémiologique sur 13 souches de C. Glabrata isolées chez 4 patients. Une transmission interhumaine des souches entre ces patients a pu être exclue aussi bien par spectroscopie IRTF que par RAPD. Ces travaux confirment la capacité de la spectroscopie IRTF à discriminer des souches de Candida au niveau de l’espèce mais également de la souche lors d’un typage ou d’une étude clinique. Au-delà de son haut contenu en informations, la spectroscopie IRTF est rapide, fiable, peu coûteuse et peut représenter une approche nouvelle au diagnostic mycology.