Approche transcriptomique du système nerveux entérique et de la maladie de Hirschsprung

Enteric nervous system and Hirschsprung disease : a transcriptomic study

• Auteur / Autrice : Mathieu Clément-Ziza
• Direction : Claude Besmond
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la matière. Génétique
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Paris 5
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université Paris Descartes. Faculté de médecine

Mots clés

Mots clés contrôlés

Analyse de profil d'expression de gènes

Système nerveux entérique

Maladie de Hirschsprung

Côlon

Système nerveux autonome

Microdissection

Maladie de Hirschsprung

Résumé

La maladie de Hirschsprung (MH) est due à un défaut de développement des cellules de crêtes neurales (CCN) entraînant une anomalie du système nerveux entérique (SNE). Afin d'identifier des gènes impliqués dans la MH, la physiologie du SNE et son développement, nous avons exploré le transcriptome i) des CCN indifférenciées, ii) du colon sain, iii) des ganglions du plexus nerveux myentérique (PNM), iv) des cellules gliales du PNM, et v) des neurones du PNM chez l'homme. Nous avons isolé les cellules d'intérêt par microdissection laser après avoir mis au point une technique de microdissection sous argon préservant la qualité des ARN. Nous avons comparé des procédures d'amplifications linéaire avant d'hybrider des puces à ADN pangénomiques, et des puces à façon que nous avons développées à l'aide d'un logiciel que nous avons conçu (GeneRetriever) et qui permet d'extraire des bases de données les séquences et informations concernant les transcrits situés entre deux marqueurs génétiques.

The Hirschsprung disease (HSCR) is characterized by the lack of the enteric nervous system (ENS) in the large intestine due to failure of neutral crest cell (NCC) colonization of the gut. In order to identify genes implicated in HRCR, or in the physiology of the ENS, or in its development, we characterized the transcriptome of i) human NCC, ii) non pathologic large intestine, iii) human myenteric ganglions, iv) human glial cells of the myenteric plexus, and v) human neurons of the myenteric plexus. Cells of interest were isolated by laser capture microdissection ; in order to stabilize RNA during the experiments of laser capture microdissection, we developed new protocols that relies on alcoholic staining and microdissection under argon. RNA extracted from isolated cells were linearly amplified. Pangenomic and custom microarrays were hybridized.