Pharmacognosie inverse : des molécules naturelles aux plantes via Selnergy, un outil original de criblage biologique virtuel

Reserve pharmacognosy : from natural molecules to plants via Selnergy, an original tool for biological virtual screening

• Auteur / Autrice : Quoc Tuan Do
• Direction : Philippe Bernard, Luc Morin-Allory
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie informatique et théorique
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Orléans

Mots clés

Mots clés contrôlés

Ethnopharmacologie

Chimie végétale

Criblage pharmacologique

Pharmacognosie

Résumé

La pharmacognosie inverse est un complément à la pharmacognosie. Contrairement à cette dernière, elle part des molécules qui sont évaluées sur des modèles in vitro et/ou in silico pour aboutir aux sources naturelles qui les contiennent. Ce processus est rendu possible grâce à l’accumulation des connaissances en biologie, en phytochimie, en botanique, en ethnopharmacologie et en informatique. En effet, avec les bases de données hétérogènes, nous pouvons gérer de manière rationnelle cette masse d’information. A cet effet, nous avons construit la base de données ethnopharmacologique étendue (BEE). Elle rassemble les données structurales sur les molécules naturelles, les organismes vivants les contenant, les propriétés biologiques des molécules et les organismes et les utilisations traditionnelles de ces sources naturelles. Nous avons également validé et intégré à la BEE un outil de criblage inverse, Selnergy permettant de calculer un profil biologique. Cet outil comporte un logiciel de docking et une ciblothèque annotée de protéines d’intérêt thérapeutique. Nous avons appliqué la BEE+Selnergy à deux molécules : la ε-viniférine et la méranzine. Nous avons pu identifier les protéines qui pouvaient interagir avec elle, grâce à Selnergy et trouver les applications possibles à ces molécules. Des tests in vitro ont validé ces prédictions. A l’aide de la BEE, les sources contenant ces composés ont été identifiées. Nous avons donc réussi à positionner les molécules et leurs sources dans des applications qui n’étaient pas connues auparavant pour ces produits.