Orthobunyavirus de la République Centrafricaine : détection, séquençage et analyse phylogénétique

• Auteur / Autrice : Emmanuel Nakouné-Yandoko
• Direction : Chantal Finance, Bertrand Rihn
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie moléculaire
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Nancy 1
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Nancy I. Faculté de médecine (1970-2011)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Séquence nucléotidique

Phylogénie

Orthobunyavirus

Phylogenèse

Données de séquences moléculaires

Analyse de séquence

génétique

classification

République centrafricaine

Orthobunyavirus

Résumé

La famille des Bunyaviridae regroupe plus de 350 virus transmis par des arthropodes, classés en cinq genres. La prévalence de ces virus en République Centrafricaine est mal connue et mérite des études moléculaires afin mettre en place un diagnostic fiable, de mieux caractériser les vecteurs et d'identifier les réservoirs qui sont le plus souvent inconnus. Etant donnée la diversité de ces virus, seuls les virus du genre Orthobunyavirus ont été caractérisés dans cette étude. La caractérisation génomique de Bunyaviridae a été réalisée par le séquençage de segments encadrés par des amorces consensus pour un diagnostic d'espèce. Parmi les orthobunyavirus isolés à l'Institut Pasteur de Bangui (RCA), 12 souches classées dans six sérogroupes ont été incluses dans cette étude. Des couples d'amorces définies dans notre laboratoire ont permis d'amplifier et d'obtenir une séquence complète du segment S de dix souches virales. Une séquence partielle de la glycoprotéine G2 (segment M) de ces souches a également été obtenue. L'organisation génétique du segment S de ces souches de RCA recoupe celle des sérogroupes Bunyamwera, California et Simbu. Leur génome est constitué de deux cadres ouverts et chevauchants de lecture qui codent une protéine de la nucléocapside et une protéine non structurale. La comparaison des séquences nucléiques du segment S et de la protéine G2 des souches de RCA à celle de la souche de référence Bunyamwera NC_001927 montre une différence de 5 % à 15 % et 3,3 % à 42,2 % respectivement. Les séquences des protéines N et G2 de la souche M'Poko ArB365 ont été les plus divergentes (15 % et 42,2 % de différence respectivement). L'arbre phylogénétique construit avec les séquences de la protéine N est monophylétique tandis que celui obtenu avec les séquences de la protéine G2 ne l'est pas.

The Orthobunyavirus genus is composed of segmented negative sense RNA viruses that are responsible for mild to severe human diseases. To date, no molecular studies of Bunyaviridae of the genus Orthobunyavirus from Central Africa have been reported, and their classification relies on serological testing. We have designed and evaluated four new primer pairs for amplification by RT -PCR and sequencing of the complete genomic small (S) RNA segments often Orthobunyavirus viruses isolated from Central African Republic (CAR) and pertaining to 5 different serogroups. Phylogenetic analysis showed that these 10 viroses belong to the Bunyamwera serogroup. The S segment sequences differ from those of the Bunyamwera virus reference strain by 5-15 % at the nucleotide level, and both overlapping reading frames encoding nucleocapsid (N) and non-structural (NS) protein were evident in sequenced genomes. Partial sequencing of M segment was also performed and inversely to the S fragment, the obtained phylogenetic p-ee was not monophyletic as M'Poko strain was highly divergent. This study should improve diagnosis and surveillance of African bunyaviruses.