Thèse soutenue

Dynamique des extrémités du chromosome linéaire de Streptomyces ambofaciens

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Auteur / Autrice : Alexandre Gallois
Direction : Pierre LeblondBertrand Aigle
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique Moléculaire
Date : Soutenance le 12/11/2007
Etablissement(s) : Nancy 1
Ecole(s) doctorale(s) : BioSE
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Génétique et Microbiologie
Jury : Président / Présidente : Bernard Decaris
Examinateurs / Examinatrices : Dominique Schneider, Jean-Nicolas Volff, Annie Dary, Bertrand Aigle, Bernard Decaris, Pierre Leblond
Rapporteurs / Rapporteuses : Dominique Schneider, Jean-Nicolas Volff

Résumé

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Les Streptomyces sont des bactéries du sol possédant un chromosome linéaire de grande taille (8-11 Mb), un fort taux en bases G-C (72,1% chez S. coelicolor) ainsi que l’apparition à haute fréquence de mutants, présentant de grands réarrangements touchant les régions terminales chromosomiques. L’analyse des séquences des régions terminales et des séquences partielles de la région centrale de la souche ATCC23877 de S. ambofaciens a permis de montrer que la taille de la région spécifique d’espèce augmente avec l’éloignement phylogénétique. Cette perte progressive de synténie est le résultat d’évènements d’insertions/délétions (indels) de petits fragments d’ADN. La comparaison des séquences des Répétitions Terminales Inversées de deux souches de S. ambofaciens a montré la présence de frontières ancestrales communes et les régions spécifiques situées aux extrémités. Cette variabilité serait la conséquence de remplacements d’extrémités de réplicons linéaires potentiellement d’origine plasmidique. L’intervention différentielle de mécanismes de réparation de cassures double brin ou une fréquence plus importante des cassures le long du chromosome pourraient être à la base de cette variabilité. Une conséquence de la formation de cassures double brin est l’entrée dans le cycle de cassure-fusion-pont (CFP) dont un intermédiaire est un chromosome dicentrique. L’entrée dans ce cycle serait la conséquence de la fusion de deux chromosomes délétés d’un bras chromosomique. L’analyse de souches de S. ambofaciens DSM40697 contenant un second centre de partition précisera l’implication des systèmes de partition dans l’instabilité et l’évolution du chromosome des Streptomyces.