Evolution of LTR retrotransposons in Drosophila melanogaster and Drosophila simulans genomes

• Auteur / Autrice : Nathalie Mugnier
• Direction : Christian Biémont
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Lyon 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Rétrotransposons

Hétérochromatine

Drosophiles

Génome

Résumé

Les génomes de Drosophila melanogaster et Drosophila simulans sont constitués de 10% à 15% d'éléments transposbles. Nous présentons, tout d'abord, une étude de la région régulatrice du rétrotransposon à LTR 412 aux seins de populations des espèces D. Melanogaster et D. Simulans. Cet élément existe en quantité variable dans les génomes de ces espèces et populations. Nous avons découvert l'existence de sous-familles dans certaines de ces populations. Nous nous sommes ensuite penchés sur les copies des rétrotransposons à LTR hétérochromatiques du génome séquencé de D. Melanogaster. Nous avons daté ces copies afin de détecter des variations d'activité de rétrotransposition au cours du temps. Cette étude a permis de démontrer que l'hétérochromatine du génome de D. Melanogaster avait subi la vague de transposition observée dans l'euchromatine, il y a moins de 500 000 ans

Drosophila melanogaster and Drosophila simulans genomes have 10% to 15% of transposable elements. We present an analyses of the regulatory region of the LTR retrotransposon 412 within D. Melanogaster and D. Simulans populations. There is a variable amount of 412 element on the genomes of these populations. We discovered sub-families in some of these populations. We have then studied heterochromatic LTR retrotransposons in the sequenced genome of D. Melanogaster. The datation of these copies was execute in order to find variations in the retrotranspotion activity along times. This study allowed us to confirme that heterochromatin was subject to the recent vawe of transposition that happened in the D. Melanogaster genome this last 500 000 years ago