Taxonomie et classification en pathovars des Xanthomonas associés aux Anacardiacées par une approche polyphasique

A polyphasic approach for the taxonomy and pathovar classification of populations of Xanthomonas associated to Anacardiacae

• Auteur / Autrice : Nathalie Ah-You
• Direction : Olivier Pruvost, Patrick Grimont
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : La Réunion

Mots clés

Mots clés contrôlés

Infections à Xanthomonas

Anacardiacées

Phylogénie

Résumé

La maladie des taches noires du manguier, maladie fortement dommageable pour l’industrie de la mangue, est causée par une bactérie du genre Xanthomonas, désignée sous le nom de X. Campestris pv. Mangiferaeindicae. Des Xanthomonas ont également été isolés sur plusieurs autres genres de plantes de la famille des Anacardiacées. L’ensemble de ces bactéries est regroupé au sein du pathovar mangiferaeindicae, malgré l’existence d’une grande variabilité entre ces souches. De plus, ces souches n’ont jamais été incluses dans les dernières études taxonomiques du genre Xanthomonas. L’objectif de ce travail a été de clarifier la classification en pathovar et d’examiner la position taxonomique de ces Xanthomonas associées au Anacardiacées, en utilisant une approche polyphasique. L’utilisation de l’AFLP et de tests de pouvoir pathogène ont permis de mettre en évidence une séparation des Xanthomonas des Anacardiacées en trois lignées distinctes génétiquement et par leur spécificité d’hôte, constituant trois pathovars : mangiferaeindicae, anacardii et spondiae. Ces trois pathovars sont génétiquement proches de représentants de l’espèce Xanthomonas axonopodis sensu Vauterin. La taxonomie de ces souches associées aux Anacardiacées a été étudiée par une analyse combinant données AFLP et MLSA, comparées à des valeurs d’hybridations ADN/ADN et des valeurs de stabilité thermique. Cette étude a révélé que les Xanthomonas des Anacardiacées sont des pathovars de la nouvelle espèce Xanthomonas citri. L’apport des techniques AFLP et MLSA comme techniques alternatives aux hybridations ADN/ADN, pour la taxonomie des Xanthomonas a été évaluée. Notre approche polyphasique illustre la non-congruence entre les classifications basées respectivement sur la phylogénie et sur le pouvoir pathogène.

Bacterial black spot, caused by Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae is an important disease of mango. Several plant genera of the Anacardiaceae family are hosts for xanthomonads. Despite the existence of a great variability between these xanthomonads, these strains are assigned in the single pathovar mangiferaeindicae. Moreover Xanthomonads causing disease on Anacardiaceae were not included in any recent taxonomic studies on the genus Xanthomonas. Our aim was to use a polyphasic approach to resolve the complexity of pathovar mangiferaeindicae, and to define the taxonomic position of strains isolated from Anacardiaceae. Both AFLP and pathogenicity tests allow the separation of these xanthomonads in three lineages, distinct genetically and distinct by their host specificity, supporting the classification in three pathovars, genetically closed to strains representative of Xanthomonas axonopodis sensu Vauterin: mangiferaeindicae, anacardii et spondiae. The polyphasic characterization using AFLP and MLSA approaches compared to DNA / DNA hybridization and thermal stability values indicated that Xanthomonads associated to Anacardiaceae are pathovars of the new species Xanthomonas citri. The contribution of AFLP and MLSA techniques as an alternative to DNA / DNA hybridization is evaluated for genus Xanthomonas taxonomy. Our polyphasic approach shows the incongruence between classifications based respectively on phylogeny, and on pathogenicity.