Recherche Avancée

Thèse soutenue

Contribution à l'amélioration génétique de la résistance des caféiers (Coffea arabica L. ) à la rouille (Hemileia vastatrix) : De l'étude des hybrides interspécifiques naturels de Nouvelle-Calédonie à la cartographie d'un locus de résistance

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Auteur / Autrice : Laetitia Mahé
Direction : Philippe Lashermes
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie et agronomie
Date : Soutenance en 2007
Etablissement(s) : École nationale supérieure agronomique (Montpellier ; 1960-2006)

Résumé

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Les objectifs sont en relation avec l’amélioration de C. Arabica pour sa résistance à la rouille et consistent, d’une part, en la caractérisation de nouvelles sources de diversité génétique et d’autre part, au développement des connaissances moléculaires d’un locus de résistance à la rouille. La découverte en Nouvelle-Calédonie d’individus de phénotype intermédiaire entre C. Arabica et C. Canephora a motivé la recherche de nouvelle diversité génétique pour l’amélioration de C. Arabica. L’étude de la genèse et des flux de gène chez ces hybrides interspécifiques et l’évaluation de leur résistance pour plusieurs races de rouille ont mis en évidence de nouvelles ressources génétiques. Parallèlement à cette étude, la cartographie génétique du locus de résistance SH3 de C. Liberica introgressé chez C. Arabica a été réalisée ouvrant ainsi la voie à une sélection assistée par marqueurs pour l’amélioration de C. Arabica. Dans le but de cloner le (ou les) gènes de résistance à la rouille, la cartographie physique sur C. Arabica de la région chromosomique homéologue à celle de C. Liberica portant le facteur SH3 a été réalisée. Les marqueurs liés au locus et l’analyse génomique comparative avec Arabidopsis thaliana ont permis de définir une région contenant le ou les gènes de résistance homéologue à SH3. L’établissement de la microsynténie entre le caféier et cette petite crucifère a permis le transfert des marqueurs pour l’avancement de la cartographie physique, et apporté des informations sur l’évolution de ces deux espèces. Finalement pour ouvrir la voie à une approche gène candidat et le transfert de nouveaux marqueurs sur la carte physique de C. Arabica, la cartographie génétique de la région chromosomique a été réalisée chez Solanum lycopersicum. Plusieurs gènes de résistance sont présents dans les régions orthologues chez S. Lycopersicum et Arabidopsis. L’ensemble de ces résultats permet d’envisager le clonage du (ou des) gène(s) de résistance à la rouille chez le caféier.