Thèse soutenue

Etude de la diversité spécifique et fonctionnelle des flagellés hétérotrophes lacustres : approches moléculaires

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Auteur / Autrice : Emilie Lefèvre
Direction : Télesphore Sime Ngando
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Écologie microbienne
Date : Soutenance en 2007
Etablissement(s) : Clermont-Ferrand 2

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Dans le concept de 'boucle microbienne', les flagellés hétérotrophes (HF) aquatiques sont considérés comme bactérivores. Or, les données taxonomiques révèlent que ceux <5µm, ne peuvent être déterminés en microscopie courante. Pour préciser leur rôle, il est donc nécessaire de développer des outils plus résolutifs. Les objectifs de cette thèse ont donc été d'étudier la diversité des 'HF indéterminés' et de développer des outils de quantification. Deux études de clonage-séquençage de l'ADNr 18S ont été réalisées sur le plancton 0,6-5 µm du Lac Pavin. L'analyse des séquences a montré que (1) les espèces de HF détectées diffèrent de celles en microscopie, que (2) leur diversité est plus importante et que (3) beaucoup sont en fait saprophytes ou parasites. De plus, une technique de qPCR a été développée afin de quantifier, des zoospores de Chytrides (Fungi), parasites d'algues. Il est de ce fait nécessaire de revoir le rôle des HF dans les réseaux trophiques microbiens