Environnement de développement d'applications bioinformatiques, le package LASTec

• Auteur / Autrice : Sébastien Duplant
• Direction : Jean-Pierre Reveillès
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique appliquée aux sciences du vivant
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Clermont-Ferrand 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bioinformatique

Résumé

Constatant l'inexistence sur le marché d'un outil commode d'automatisation des tâches de bioinformatique, la société Soluscience a entrepris depuis 4 ans, de développer un environnement, nommé SDView, au sein duquel le bioinformaticien, ou le biologiste, pourra modéliser toutes les étapes d'un protocole puis l'exécuter. Par l'intermédiaire d'une programmation graphique et de la saisie de paramètres, tout protocole biologique (ou chaînage de traitements) pourra être traduit en une application autonome réalisant toutes les tâches décrites. Cette thèse décrit les points essentiels du package LASTec, premier ensemble de bibliothèques C++ constituant le coeur du projet SDView. Elle devrait contribuer à l'élaboration de ces bibliothèques et à tester ces dernières en constituant à l'aide de leurs classes des applications à partir de protocoles effectifs proposés par les laboratoires de recherche. Quatre applications, ViewLinkage, MetabSearch, SCAFI et HunProm, préfigurant celles que fournira automatiquement la plate-forme SDView, ont été construites et ont fourni aux laboratoires concernés de nouveaux outils de recherche. Leur efficacité a permis d'obtenir des résultats jugés dignes de communications et de publications scientifiques.

Given the lake of a bioinformatics process automation tool, the Soluscience company has been for 4 years developping a bioinformatics environment, named SDView, which the biologist or the bioinformatics specialist can use to model all the different stages of a protocol, and then execute them. The tool provides a graphical programming interface with which any biological protocol (or process chaining) can be translated in a standalone application that can execute all defined tasks. This doctoral thesis describes the main aspects of the LASTec C++ package, which is the core of the SDView project. It should contribute to the elaboration and testing of more librairies by building on them real applications, based on actual protocols proposed by research laboratories. Four applications, ViewLinkage, MetabSearch, SCAFI and HunProm, give an idea of the future apps built upon the SDView platform. They became new research tools for the concerned research laboratories. Their effectiveness has helped obtaining valuable research results, proposed for communication and scientific communication.