Caractérisation de la Ruminococcine C, bactériocine produite par la bactérie commensale Ruminococcus gnavus E1 et active contre le pathogène Clostridium perfringens

Characterization of Ruminococcin C, a bacteriocin produced by the commensal bacterium Ruminococcus gnavus E1 and active against pathogenic Clostridium perfringens

• Auteur / Autrice : Emmanuelle Crost
• Direction : Michel Fons
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Nutrition, aspects cellulaires et moléculaires
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 3

Mots clés

Mots clés contrôlés

Thermochromie

Clostridium perfringens

Bactériocines

Trypsine

Tube digestif

Résumé

Chez le rat monoxénique et sous la dépendance de trypsine, Ruminococcus gnavus E1, souche isolée de fèces humains, produit RumC, une bactériocine anti-Clostridium perfringens. LEM 9-17, capable de produire RumC in vitro, a été obtenue par mutagenèse aléatoire. RumC a été purifiée à partir de contenu caecal de rats monoxéniques pour E1 et de surnageant de culture de LEM 9-17. Dans les 2 cas, 2 fractions ont été identifiées : la 1ère contient un peptide de 4235 Da, la 2ème 2 peptides de 4324 et 4456 Da. Les séquences N-terminales des peptides contenus dans ces fractions sont très homologues, mais la réaction d'Edman est bloquée après le 11ème résidu. Trois gènes différents codant pour des pré-RumC, 2 pour des enzymes à radical SAM et 8 probablement impliqués dans la biosynthèse, la sécrétion, la régulation ou l'immunité ont été identifiés sur une région de 13,5 kb du génome de E1. De plus, les gènes rumC-like semblent disséminés au sein du microbiote fécal humain et sont très conservés.

When colonizing the digestive tract of monoxenic rats, Ruminococcus gnavus E1, isolated from human feces, produced a trypsin-dependant anti-Clostridium perfringens bacteriocin, RumC. LEM 9-17, able to produce RumC in vitro, was generated by random mutagenesis. RumC was purified from E1-monocontaminated caecal content and LEM 9-17 culture supernatant. In both cases, 2 fractions, the 1st one containing a 4235Da peptide, and the 2nd one two peptides of 4324Da and 4456Da were identified. The N-terminal sequence of the peptides present in both fractions was highly homologous, but Edman degradation reaction was blocked after the 11th residue. Three non identical structural genes encoding pre-RumC, 2 coding for radical SAM enzymes and 8 with predicted functions in biosynthesis, secretion, regulation and immunity were identified on a 13,5 kb region of E1 chromosome. Moreover, the rumC-like genes were shown to be widely disseminated among the human fecal microbiota with a high conservation rate.