Plasticité du génome de la bactérie Lactococcus lactis : domaines de contraintes révélés par inversions expérimentales

Chromosomal constraints in Gram-positive bacteria Lactococcus lactis revealed by artificial inversions

• Auteur / Autrice : Miguel José Dias
• Direction : Paul Ritzenthaler
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Toulouse 3

Mots clés

Mots clés contrôlés

Génome

Lactocoques

Mots clés libres

Lactococcus lactis

Inversions chromosomiques

Organisation du génome

Plasticité du génome

Cre-loxP

Bactérie

Résumé

Nous avons abordé l'étude de la plasticité du génome de Lactococcus lactis en générant des inversions chromosomiques expérimentales. L'avantage des inversions est d'altérer l'organisation du chromosome sans modifier son contenu génétique. Pour réaliser ces inversions, une stratégie originale développée au laboratoire a été mise en œuvre : elle est basée sur le système de recombinaison spécifique de site, Cre-loxP. Une dizaine d'inversions chromosomiques ont été obtenues. Leur taille varie de 140 kb à 1200 kb. La totalité des inversions se répartit en différentes classes en fonction de leur stabilité. La position des bornes des inversions instables ou impossible à isoler sur le chromosome de L. Lactis suggère l'existence de deux domaines sur lesquels s'exercent des contraintes particulièrement fortes : un domaine Ori (couvrant un cinquième du chromosome), et un domaine Ter de taille réduite (200 kb) localisé à l'opposé du domaine Ori sur le chromosome

We used artificial chromosome inversions to investigate the chromosomal constraints that preserve genome organization Lactococcus lactis. Chromosomal inversions are the most appropriate rearrangement for the experimental analysis of genome organization because they disturb the normal order of sequences on the chromosome without affecting overall genetic content. Twenty large inversions, 80-1260 kb in length, were constructed using the site-specific Cre-loxP recombination system. These inversions were all mechanistically feasible and fell into various classes according to stability and effect on cell fitness. The location of detrimental inversions allowed identification of two constrained chromosomal regions : a large domain covering one fifth of the genome that encompasses the origin of replication (Ori domain) and a smaller domain, covering approximately 200 kb, located at the opposite of the chromosome (Ter domain).