Etude de l'interaction moléculaire Xanthomonas oryae - riz : Caractérisation de nouvelles souches de Xanthomonas oryae en Afrique et identification de gènes de défense par des approches de transcriptome et de génétique inverse

Study of the molecular interaction between Xanthomonas oryae-rice : characterization of the new strains of Xanthomonas oryae in Africa and identification of rice defense genes using transcriptome analysis and reservez genetic approach

• Auteur / Autrice : Carolina Gonzalez
• Direction : Valérie Verdier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Perpignan
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Énergie environnement (Perpignan ; 1999-....)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Génétique

Riz

Xanthomonas

Hybridation génomique comparative

Mots clés libres

Xanthomonas oryae

Xoo

Résumé

Ces travaux portent sur l'étude de l'interaction Xanthomonas oryae-riz et se présentent en deux parties. La première partie porte sur la caractérisation de souches de Xanthomonas oryae en Afrique. Différentes analyses génétiques (RFLP, Rep-PCR, FAFLP) ont été développées et ont conduit à l'identification de nouvelles souches de Xanthomonas oryae pv. Oryae (Xoo) et de Xanthomonas oryae pv. Oryzicola (Xoc). Trois nouvelles races de Xoo ont été caractérisées. Nous montrons que les souches africaines de Xoo sont distinctes des souches asiatiques. L'hybridation soustractive entre souches Xoo africaine et asiatique montre que la majorité des gènes putatifs isolés du génome africain sont de fonction inconnue. La deuxième partie de ces travaux porte sur l'identification des gènes de défense au cours d'une réaction incompatible en combinant une approche d'hybridation soustractive et d'analyse de puces. Ces travaux ont permis de caractériser des gènes impliqués dans la réponse incompatible et de les localiser sur la pseudomolécule de riz. Certains de ces gènes ont été validés par QRTPCR. Des lignées d'insertion ont été identifiées et testées pour leur réaction vis-à-vis de la souche Xoo PX0339. L'ensemble des résultats acquis et les perspectives de ces travaux sont discutés dans ce mémoire.

These works concern the study of Xanthomonas oryae-rice iunteraction and they are present in two parts. The first part concerns the characterization of Xanthomonas oryae strains in Africa. Different genetic analyses (RFLP, Rep-PCR, FAFLP) were developed and carried out to the identification of new strains of Xanthomonas oryae pv. Oryae (Xoo) and Xanthomonas oryae pv. Oryzicola (Xoc). Three new races of Xoo were characterized. We show that the Xoo African strains are different from the Asian Xoo strains. The subtractive hybridization between African and Asian Xoo strains shows that the majority of the putative genes isolated from the African genome correspond to unknown function. The second part of these works concerns the identification of rice defense genes during an incompatible interaction by combining substractive hybridization approach and microarray analysis. These works allowed to characterize genes involved in the incompatible answer and to localize them on the rice pseudomolecules. Some of these genes were validated by QRTPCR. Insertion lines weree identified and tested for their reaction towards the Xoo strain PX0339. All the acquired results and perspectives of these works are discussed in this report.