Optimisation d'un système d'électrophorèse multicapillaire pour la séparation d'ADN

Optimization of a multicapillary electrophoresis system for the DNA separation

• Auteur / Autrice : Nidhal Kahlaoui
• Direction : Marie-Alix Duval
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences appliquées
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Paris 11
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

Mots clés libres

Electrophorèse capillaire

Injection électrocinétique

Matrice de séparation

Résumé

Nous avons amélioré des techniques liées à l'électrophorèse multicapillaire particulièrement pour le séquençage de l'ADN. Quatre améliorations ont été introduites dans un prototype de séquenceur développé dans notre laboratoire. La première partie concerne l'amélioration de la séparation des fragments par l'utilisation d'une matrice de séparation (T25) dite thermoassociatif. Cette matrice nous a offert un temps de séparation plus court que le POP6™. La deuxième amélioration concerne l'optimisation de l'injection des échantillons dans les capillaires : Un dispositif compliqué a été développé afin de réduire la quantité d'échantillon utilisé toute en gardant les mêmes performances de séparation. La troisième partie s'intéresse à l'optimisation de la détection de la lumière de fluorescence. Deux axes composent cette partie : le balayage de laser qui consistait a développer un programme de balayage plus efficace. La focalisation de la lumière dans les capillaires en utilisant des microlentilles (200 µm de diamètre) devant les capillaires.

We improved four devices related to the multicapillary electrophoresis particularly for the DNA separation. These improvements were introduced into a prototype of a sequencer developed in our laboratory. The first improvement consists in the use of a separation matrix known as T25. This polymer gives a separation about 3 times faster when we use the T25 polymer rather than the commercial POP6™ polymer. The second improvement was the optimization of the samples injection in the capillaries. An original injection device was developed that made it possible to reduce the sample volume by a factor of 4 and to have a reproducible injection. The third part is interested in optimization of detection of the fluorescent light. Two axes make this part: the first is the step by step laser scanning instead of the continuous scanning that yields more light inside the capillaries and less in between. The second is the laser focalisation into the capillaries by using microlenses (200 µm OD).