Thèse soutenue

Recherche de descripteurs spécifiques d'interactions protéine-protéine et protéine-ligand

FR  |  
EN
Auteur / Autrice : Vincent Benoît
Direction : Hervé Delacroix
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biophysique moléculaire
Date : Soutenance en 2006
Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

FR  |  
EN

La compréhension des déterminants de l’interaction spécifique protéine-protéine et protéine-ligand est d’un grand intérêt à la fois pour la recherche fondamentale et appliquée. La majeure partie de ce travail concerne donc la caractérisation des interfaces protéine-protéine. Il est important de noter que les fichiers de structure PDB ne contiennent pas les informations qui pourraient permettre de constituer des jeux de données de complexes protéine-protéine fiables. De plus les interfaces impliquant des symétries cristallographiques ne sont pas directement accessibles. C’est pourquoi nous avons jugé intéressant de mettre en place une base de données donnant accès à la fois aux interfaces protéine-protéine fonctionnelles et cristallographiques. Un outil flexible et rapide a donc été crée à l’aide de références à de multiples bases de données et en calculant l’ensemble des interfaces à l’intérieur d’un cristal. Par ailleurs les methodes de docking nous ont permis d’étudier les intéractions protéine-ligand. L’institut Curie à Orsay nous a ainsi, à travers une collaboration, fourni les structures d’inhibiteurs validés de l’interaction de la protéine Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) avec la polymérase delta. Outre le fait de générer des structures potentielles de complexes PCNA-inhibiteur nous avons aussi étudié les sites de fixation des inhibiteurs validés relativement à des structures validées comme non inhibitrices.