Prédiction markovienne in silico des régions constantes et variables des lentivirus

In silico markovian prediction of variable and constant regions of lentivirus genomes

• Auteur / Autrice : Aurélia Quillon
• Direction : Caroline Leroux, Didier Piau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Mathématiques appliquées
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Lyon 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Souris

Rats

Résumé

Les lentivirus présentent une évolution rapide du gène env, notamment dans la région codant la glycoprotéine de surface (SU). Un fait remarquable est que les mutations de la SU sont localisées dans des zones spécifiques, appelées régions variables (V), séparées par des régions dites constantes (C). Afin de déterminer s'il existe des signatures spécifiques des régions C et V, nous avons développé des modèles de Markov cachés, ou HMM (Hidden Markov Models), basés sur la composition en oligonucléotides de chaque type de région, capables de différencier les régions C et V des lentivirus. Nous avons entraîné des modèles de Markov cachés sur des séquences des SU des lentivirus équins, humains, simiens et des petits ruminants. Nous avons obtenu une délimitation claire des régions C et V de tous ces lentivirus ainsi que des lentivirus bovins et félins qui n'avaient pas été utilisés pour définir les modèles. Nos résultats suggèrent que les régions C et V des lentivirus ont des compositions statistiques en mots de nucléotides et d'acides aminés différentes. Des signatures caractéristiques des régions C et V ont été extraites à partir des modèles définis