Analyse de l'évolution phylétique de crustacés, décapodes et de l'évolution moléculaire des éléments mobiles de la famille marinier présents chez ces organismes

Analysis of Phyletic evolution of crustaceans, decapods and molecular evolution of mobile elements mariner in organisms

• Auteur / Autrice : Quynh Trang Bui
• Direction : Marc Laulier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Le Mans

Mots clés

Mots clés contrôlés

Vietnam

France

Décapodes (crustacés)

Études de cas

Crustacés

Transposons

Résumé

Les éléments mobiles encore appelés éléments transposables sont des séquences d’ADN capables de se déplacer dans le génome qui les héberge. Du fait de leur mobilité, ils sont en grande partie responsables de la plasticité et de l’évolution des génomes. Les transposons de type mariner (MLEs) sont de petits éléments mobiles de 1300 pb. Au cours de nos travaux, nous nous sommes intéressés à la caractérisation de transposons de type mariner chez des crustacées marins littoraux. Parmi les 25 espèces étudiées, 11 proviennent du littoral vietnamien et 14 du littoral français. La mise en oeuvre des techniques de PCR a permis de caractériser 97 séquences de type MLEs présentes chez 18 espèces. La phylogénie moléculaire des MLEs a été également étudiée. Un certain nombre de MLEs obtenus forment une nouvelle sous-famille à l’intérieur de la famille mariner. Un des problèmes fondamentaux concernant les éléments mobiles est la nature de leur transfert d’une espèce à une autre. Deux modes de transmission (horizontale et verticale) non exclusifs ont été proposés. Afin d’apporter des éléments de réponse à cette question, nous avons établi à l'aide de l'information de marqueurs ribosomaux (18S, 16S) la phylogénie des crabes analysés au cours de nos recherches sur les éléments mobiles. Cette étude a permis de déterminer les relations phylétiques existantes entre diverses familles analysées. L'étude des Portunidés a particulièrement été développée car cette famille présent un intérêt économique important pour le Vietnam. Les arbres phylétiques obtenus à partir de l'information des MLEs et des marqueurs classiques ont été comparés. Ces arbres phylétiques présentent des divergences considérables. Le transfert horizontal, défini comme la transmission d’un gène d’une espèce à une autre par l’intermédiaire d’un vecteur est fréquemment évoquée pour expliquer les différences entre les arbres phylogénétiques calculés à l’aide des éléments transposables et ceux établis à partir de marqueurs de phylogénie.

Mobile elements or transposon are DNA sequences being able to transpose in the genome that contains them. Thank to their mobility, they are almost responsible of the genome plasticity and evolution. Mariner (MLEs) transposons are small mobile elements of about 1300 bp. We have been interested in characterizing mariner transposons in marine littoral crustaceans. Thus, 11 littoral Vietnamese and 14 littoral French species were studied. The implementation of PCR techniques allowed characterization of 97 sequences of type MLEs in 18 species. MLEs molecular phylogeny was also studied. A certain number of obtained MLEs constitute a new sub-family within the family mariner. One of the fundamental issues concerning mobile elements is their transfer nature from a species to another. Two modes of no exclusive transmission (horizontal and vertical) were proposed. To response to this question, we established phylogeny of crabs that had been analyzed for the MLEs, using ribosomal markers (18S, 16S). This study allowed us to determine the existing phyletic relationships between diverse analyzed families. We particularly developed study on Portunidae as this family presents an important economic interest for Vietnam. Phyletic trees that were built from MLEs information and classical markers were compared. These phyletic trees show considerable divergences. Horizontal transfer, defined as gene transmission from a species to another through a vector, was frequently used to explain the differences between phylogenetic trees established from transposable elements and those from phylogeny markers.