La séquence du génome de Tetraodon nigroviridis comme outil dans l’inventaire des gènes humains et dans l’analyse de l’évolution des chromosomes de vertébrés.

The genome sequence of Tetraodon nigroviridis as a tool for listing human genes and for the analysis of the evolution of vertebrate chromosomes

• Auteur / Autrice : Olivier Jaillon
• Direction : Jean Weissenbach
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bio-informatique
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Evry-Val d'Essonne

Mots clés

Mots clés contrôlés

Vertébrés

Génome

Bioinformatique

Résumé

Pour affiner notre connaissance de la structure et de l'évolution des génomes de vertébrés nous avons comparé la séquence d'ADN du poisson téléostéen Tetraodon nigroviridis et celle du génome humain. Dans un premier temps, sous l’hypothèse d’une dérive aléatoire des régions génomiques dépourvues de pression de sélection, nous avons développé un outil d’identification des régions codantes protéiques conservées par l’évolution entre l’humain et T. Nigroviridis. Nous avons alors donné une première ré-estimation à la baisse et fiable du nombre de gènes humains. Dans un second temps, en analysant la cartographie des gènes orthologues de ces 2 espèces, nous avons conforté et précisé l’hypothèse d’une ancienne duplication totale de génome dans la lignée des téléostéens. Nous avons inféré une ébauche de l’organisation d’un génome ancestral de vertébré osseux à 12 chromosomes et les grands événements de réarrangements qui ont conduit à la structure du génome humain et de T. Nigroviridis.

We compared the DNA sequence of the teleost fish Tetraodon nigroviridis to that of Homo sapiens to refine our knowledge and evolution of the vertebrate genome. First, under the hypothesis of neutral drift of genomic regions with no selective pressure, we developed a tool to identify evolutionary protein coding regions conserved between humans and T. Nigroviridis. We thus provided the first reliable re-estimation of the total number of human genes, which was lower than expected. Secondly, by analyzing the mapping of orthologous genes from these 2 species, we refined the hypothesis of an ancient whole genome duplication in the teleost lineage. We inferred a rough draft of the organization of an ancestral vertebrate genome with 12 chromosomes and the major rearrangement events which led to the genome structure of humans and T. Nigroviridis.