Reconstruction de l’histoire de l’olivier (Olea europaea subsp. Europaea) et de son processus de domestication en région méditerranéenne, étudiés sur des bases moléculaires

Reconstruction the olive (Olea europaea subsp. Europaea) history and of the domestication process in Mediterranean regions based on molecular markers

• Auteur / Autrice : Catherine Breton
• Direction : Frédéric Médail, André Bervillé
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie des populations et écologie
• Date : Soutenance en 2006
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 3

Mots clés

Mots clés contrôlés

Flux génique

Plantes -- Amélioration génétique

Olivier

Résumé

Comment l’olivier a-t-il été domestiqué à partir de la forme sauvage l’oléastre ? La diversité moléculaire à 14 locus SSR nucléaires et 2 chloroplastiques de l’olivier et de l’oléastre ont été étudiées et comparées sur un échantillonnage de plus de 1500 individus répartis sur tout le pourtour du bassin méditerranéen. Pour préciser l’histoire des deux taxons nous avons utilisé une méthode bayésienne pour analyser la diversité nucléaire afin de reconstruire des lignées ancestrales de l’oléastre. Les analyses de diversité avec les outils classiques de génétique des populations révèlent des tendances mais ne permettent pas des conclusions tranchées quant aux regroupements car les individus forment un continuum. Les flux de gènes depuis les cultivars déplacés de l’Est vers l’Ouest par l’homme lors des migrations ont perturbé la structuration de la diversité des oléastres sur le continent et quelques îles. La méthode d’analyse bayésienne utilisée permet a posteriori de trier les arbres pour les rattacher à onze lignées ancestrales d’oléastres se rattachant à une dizaine de régions géographiques. Les cultivars étudiés apparaissent ancrés dans 9 lignées ancestrales et délimitent une origine géographique pour chaque évènement de domestication, elles correspondent à des foyers de domestication révélés pour l’olivier (Israël et Espagne - Portugal) et d’autres non soupçonnées (Corse, Chypre, France, Tunisie). La méthode bayésienne utilisée apparaît donc comme complémentaire des analyses de diversité pour assigner les individus dans les lignées ancestrales. Les diverses méthodes utilisées convergent pour rendre les résultats solides. La domestication multilocale est donc réelle chez l’olivier, elle conduit à une domestication incomplète avec des individus intermédiaires inclassables.

How has the olive been domesticated from its wild form, the oleaster? Molecular diversity at 14 nuclear and 2 chloroplast loci was investigated for comparison amongst a set of more than 1500 individuals from the entire Mediterranean basin. To document the history of the two taxa, a Bayesian method was used to reconstruct the ancestral lines. Diversity analysis with classic genetic tools revealed tendencies but did not provide clear-cut conclusions because the individuals fell along a continuum. Indeed, gene flow from cultivars that were displaced from East to West during human migrations has disturbed the genetic structure on both the continent and various islands. The Bayesian method enabled us to reconstruct the ancestral lineages a posteriori, and so to screen the trees individually in order to reveal those with only a single ancestor in one lineage, rather than “hybrids” with several ancestors in several lineages. We determined 11 ancestral oleaster lineages that originate from ten geographical areas, some of which are recognised as refuge zones for plant and animal species. Cultivars studied separately from oleasters proved to possess 9 ancestral lineages. Cultivars from each lineage delimit a geographic origin corresponding to a domestication event and, while some of these have already been described (Israel, Spain), others were unknown (Corsica, Cyprus, France, and Tunisia). The Bayesian method used was, therefore, complementary with diversity analyses in assigning and admixing each individual to one or several ancestral lineages. Thus, the diverse methods used contributed to providing more robust results. The olive has, therefore, undergone multilocal domestication which is incomplete, as many trees remain unclassifiable.