Profils d'expression génique au cours du carcinome hépatocellulaire sur foie cirrhotique chez l'homme

Gene expression profiling during post-cirrhotic hepatocellular carcinoma in humans

• Auteur / Autrice : Céline Derambure
• Direction : Maryvonne Daveau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie cellulaire et moléculaire
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Rouen

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cancer

Alcoolisme -- Complications hépatiques

Cirrhose hépatique

Hépatite C

Expression génique

Hépatologie

Résumé

Le carcinome hépatocellulaire (CHC), tumeur primitive du foie, survient dans près de 90% des cas consécutivement à une cirrhose, dont les deux principales étiologies, en France, sont l'infection virale par le virus de l'hépatite C (VHC) et la consommation excessive et chronique d'alcool. La compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans le développement tumoral a largement été favorisée, ces dernières années, par l'émergence des puces à ADN. Cependant, et malgré de nets besoins, aucune puce couvrant le transcriptome hépatique de façon exhaustive n'avait été réalisée. C'est pourquoi nous avons développé une puce à ADN, basée sur la technologie des micro-réseaux d'ADNc, qui permet de couvrir et d'étudier les niveaux d'expression de l'ensemble des transcrits exprimés dans le foie. Près de 12000 ADNc, à expression au moins hépatique, ont été sélectionnés in silico puis amplifiés par PCR avant d'être déposés, de façon ordonnée sur des filtres nylons. Parallèlement à l'établissement d'une telle collection de sondes, baptisée Liverpool, une base de données, LiverTools, dédiée au stockage et à la gestion de l'ensemble des informations requises par les analyses de transcriptomes, a été développée. Ces outils ont permis de confirmer la réminiscence d'un programme d'expression génique fœtal au cours du CHC, qui se caractérise par une grande proportion de gènes conjointement réprimés dans l'hépatocyte fœtal et dans l'hépatocyte cancéreux. Parmi ces gènes, nous avons mis en évidence celui codant la duduline-2. Impliquée dans l'apoptose, cette protéine semblerait être un marqueur pronostic, témoin de l'évolution cirrhotique vers une dédifférenciation tumorale ; son intérêt pronostique est en cours d'évaluation. Par ailleurs, aucune comparaison des transcriptomes du CHC d'origine virale C et d'origine alcoolique n'avait été réalisée à ce jour. Notre étude nous a également permis de mettre en évidence les gènes significativement dérégulés en fonction de l'une ou l'autre étiologie. Alors que la réponse inflammatoire prédomine dans les CHC post-alcoolisme, la réponse à l'interféron est associée aux CHC post-VHC. De plus, nous avons observé que de telles différences étaient liées à l'état tumoral et non à l'état cirrhotique qui l'accompagne.

Hepatocellular carcinoma (HCC), the main primitive neoplasia of the liver, mostly occurs in a cirrhotic context. Hepatitis C infection and excessive alcohol consumption are major risk factors for HCC in France. In recent years, the comprehension of the molecular mechanisms involved in HCC development was largely supported by the emergence of DNA chip technologies. However, no chip completely covering the liver transcriptome had been developed. Based on cDNA array technology, we have developed such a chip which covers every transcript expressed in the liver. Approximately 12. 000 cDNAs for mRNAs with at least an hepatic expression were selected in silico, then amplified by PCR and spotted in an ordered fashion on nylon filters. While we were establishing such a collection of probes, dubbed Liverpool, we have also developped a database, named LiverTools, that is dedicated to the storage and management of the information and data required for our transriptome analyses. These tools have enabled us to observe that the liver transcriptome in HCC mimics that seen during the embryonic development of the liver. Indeed, we have observed that a large set of transcripts is repressed in both conditions. Among them, the transcript coding for dudulin-2, an apoptosis protein, provides a marker of the evolution from cirrhosis to tumoral dedifferenciation. The interest of dudulin-2 as a prognosis tool is being evaluated. To date, no comparison of the transcriptomes of post-hepatitis C and post-alcoholism HCC had been carried out. We have identified a set of genes that are differently expressed in liver, as a function of either of these etiologies. An inflammatory response largely prevails in post-alcoholism HCC whereas an interferon-related response is associated to the post-hepatitis C HCC. Finally, we have further observed that such etiology-dependent differences are related to the tumoral state and not to cirrhosis.