Composants de la chromatine et expression génique chez Aspergillus nidulans

Chromatin components and gene expresion in Aspergillus nidulans

• Auteur / Autrice : Yazmid Reyes Dominguez
• Direction : Claudio Scazzocchio
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Paris 11
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

Mots clés libres

Régulation génique

Hétérochromatine

Activation de la transcription

Positionnement nucléosomal

Acytélation des histones

Méthylation des histones

Résumé

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'étude des composants de la chromatine et leur relation avec la régulation de l'expression génique chez le champignon filamenteux Aspergillus nidulans. Le complexe multiprotéique SAGA agit en tant que coactivateur de la transcription de plusieurs gènes chez la levure. Ce complexe comporte parmi ses composants l'histone acétyl transferase Gcn5 et une protéine qui module son activité, Ada2p. Nous avons étudié chez A. Nidulans, l'effet de la délétion des gènes codant pour des homologues de Gcn5p et Ada2p sur la régulation génique et la structure chromatinienne de trois promoteurs qui répondent à la répression catabolique. Des résultats inattendus suggèrent que le complexe SAGA pourrait agir comme répresseur de l'expression génique chez A. Nidulans. Dans une deuxième partie de cette thèse, on a étudié le rôle de la protéine HP1 lors de la répression génique et du ''silencing '' de gènes. HP1 est une protéine structurale et fonctionnelle de l'hétérochromatine. Nous avons identifié et délété du génome d'A. Nidulans, le gène hpA codant pour la protéine homologue de HP1. Une analyse du transcriptome de la souche hpA delta a été réalisée. Les résultats de cette étude suggèrent que HP1 est un régulateur négatif des gènes qui codent pour des métabolites secondaires. Dans les chapitres annexes, on décrit la recherche des séquences d'ADN méthylées dans le génome d'A. Nidulans et l'étude d'une région silencieuse putative, psxA. Un chapitre supplémentaire décrit la mise au point d'un système de délétion de gènes par le biais de l'assemblage des produits de PCR ce qui fait l'objet d'une publication dans Fungal Genetics and Biology.

The subject of this dissertation is the study of the chromatin components and it's relation with the gene regulation using as a model the filamentous fungus Aspergillus nidulans. SAGA it's a multiprotein complex that acts as a coactivator of several genes in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. The catalytic core of this complex is formed by the Gcn5p protein which harbors a histone acetyl tranferase activity, this last is regulated by the protein Ada2p. We have studied the effect of the deletion of two genes that code for the Gcn5p and AdaB homologous proteins in A. Nidulans, during the transcriptional activation and chromatin remodel of three genes that are subject to the carbon catabolite repression. Our unexpected results suggest that SAGA complex could act as a repressor of the gene expression in A. Nidulans. In the second part of this dissertation, we analyse the function of the heterochromatin protein HP1 and it's relation with the gene silencing HP1 is a functional and constitutive element of the heterochromatin. We have identified and deleted from A. Nidulans genome, the gene hpA, which codes for the HP1 homologue. We carried out a transcriptome analysis of the hpA delta strain. The results of this analysis suggest that HPA could be involved in the negative regulation of several genes which products are secondary metabolites. In a supplementary chapter, we describe the search of methylated DNA sequences in A. Nidulans genome and the study of a putative silenced region, psxA. Finally, a technical procedure for an efficient gene deletion system based in the amplification of chimerical PCR products is described.