Etude structurale par résonance magnétique nucléaire de deux protéines du VIH-1 interagissant avec les acides nucléiques, Vpr et NCp7

Structural study by nuclear magnetic resonance of two type 1 human immunodeficiency virus (HIV-1) proteins which interact with nucleaic acids, Vpr, regulatory protein and the nucleocapsid protein, NCp7

• Auteur / Autrice : Sarah Bourbigot
• Direction : Bernard Roques
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pharmacie. Pharmacologie moléculaire et structurale
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Paris 5
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale du Médicament (....-2009Paris)
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université Paris Descartes. Faculté de pharmacie de Paris (....-2019)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Spectroscopie de la résonance magnétique nucléaire

Acides nucléiques

Protéines virales

Génétique

VIH (virus)

Résumé

Le cycle de réplication du VIH l'interaction de protéines virales avec l'ARN et l'ADN viraux. Nous avons étudié l'interaction entre Vpr ou la NCp7 et des petits oligonucleotides et le primer binding site (PBS), respectivement. Le PBS forme une tige-boucle et interagit avec la NCp7 lors de la transcription inverse, induisant un transfert de brin. Notre étude montre que la NCp7 glisse entre ses deux sites de liaison sur le PBS, déstabilisant ainsi sa structure pour faciliter le transfert de brin. Vpr interagit avec l'ADN viral et participe à son import dans le noyau des cellules. Après avoir déterminé la structure en ''leucine zipper'' de Vpr(52-96), nous avons montré par RMN, fluorescence et Biacore une interaction entre Vpr(52-96) et les acides nucléiques. La résolution des éléments importants pour l'interaction entre la NCp7 et Vpr et leurs cibles nucléotidiques, pourrait être utilisée dans le cadre de la recherche d'agents anti-viraux.

HIV replication cycle requires viral protein interactions with viral RNA and DNA. We studied the interaction between Vpr, regulation protein and NCp7, nucleocapsid protein and short oligonucleotides and Primer Binding Site (PBS) respectively. The PBS structures as a stem loop and interacts with the NCp7 during reverse transcription. This interaction induces strand transfer. Our study proves the capacity f NCp7 to slide between its two binding sites on the PBS, thus opening its secondary structure, which is necessary to the strand transfer. Vpr interacts with viral DNA and facilitates its import in cell nucleus. Having determined a ''leucine zipper'' dimer structure of Vpr(52-96), we showed by NMR, fluorescence and surface plasmon resonance an interaction between Vpr(52-96) and nucleic acids. Finding out structural features necessary for the interaction between the NCp7 and Vpr and their nucleotidic targets could be used to design new antiviral agents