Thèse soutenue

Extraction de signatures complexes pour la découverte de nouveaux membres dans des familles de protéines connues

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Auteur / Autrice : Jérôme Mikolajczak
Direction : Yannick Jacques
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Médecine. Bioinformatique
Date : Soutenance en 2005
Etablissement(s) : Nantes
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale chimie biologie (Nantes)
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Nantes Université. Pôle Santé. UFR Médecine et Techniques Médicales (Nantes)

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Cette thèse a permis d'obtenir des modèles de classification pour les familles structurales des interleukines à hélices a humaines au moyen d'un ensemble de signatures caractéristiques. Nous avons établi une approche génétique en trois étapes. Les signatures sont définies par des séquences de motifs hiérarchiques préalablement extraits et basés sur une classification hiérarchique des acides aminés en fonction de leurs propriétés physico-chimiques. Après optimisation, l'ensemble optimal des signatures cible spécifiquement notre ensemble d'interleukines. Une seconde approche repose sur l'utilisation originale d'un algorithme de découverte de motifs suivant le paradigme de la classification hiérarchique. L'ensemble des motifs définit un espace de représentation vectoriel basé sur la présence ou l'absence de chaque motif dans les séquences d'interleukines. Nous utilisons la technique des Systèmes à Vastes Marges pour discriminer nos familles. Notre modèle de classification des interleukines est plus performant que d'autres méthodes et ouvre la voie à des travaux d'extraction de nouvelles interleukines dans les bases de données génomiques.