Les ''Locked Nucleic Acids'' pour la stratégie anti-gène : de la fixation sur l'ADN aux applications fonctionnelles

• Auteur / Autrice : Erika Brunet
• Direction : Carine Giovannangeli
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Paris, Muséum national d'histoire naturelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris ; 1995-....)
• Jury : Président / Présidente : Thérèse Garestier-Hélène
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Jacques Toulmé, Didier Gasparutto
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Annick Harel-Bellan, Bernard Lopez

Mots clés

Mots clés contrôlés

ADN

Acides nucléiques

Chromatine

Endonucléases

Triple-hélice

Oligonucléotides

Résumé

Nous avons caractérisé des oligonucléotides capables de former une triple-hélice (OFT) chimiquement modifiés sous forme de Locked Nucleic Acids (LNA), les OFT/LNA : 1/ Propriétés anti-gènes: Les OFT/LNA sont capables de former in vitro des complexes très stables et sélectifs de la séquence d’ADN cible. Cette stabilité thermodynamique permet la formation intracellulaire d’un triplexe stable. 2/ Fixation dans la chromatine Nous avons montré que la fixation des OFT/LNA est spécifique de la séquence ciblée (jusqu’à 50% de fixation) et que son efficacité est corrélée à l’accessibilité de la chromatine, l’OFT/LNA se fixant mieux sur les régions décompactées. 3/ Induction de coupures double-brin ciblées Ces ligands de l’AD (OFT/LNA) ont été couplés à un agent de coupure, la phénanthroline (OP) pour obtenir des coupures double-brin de façon spécifique dans les cellules. Le taux de modification spécifique est de 50% sur cible épisomale. La coupure endogène est en cours de caractérisation.

We have studied triplex-forming oligonucleotides (TFO), chemically modified as Locked Nucleic Acids (LNA), the TFO/LNA: 1/ Anti-gene properties TFO/LNA are able to form highly stable and specific complexes on the DNA target sequence in vitro. This thermodynamic stability leads to stable triplex formation in cells. 2/ Binding in the chromatine structure We have characterized TFO/LNA binding in chromatin and evaluated the cellular factors driving binding efficiency. We have shown that about 50% of the chromosomal target can be covered by the TFO specifically, and that the efficiency of TFO binding in chromatin was correlated to chromatin accessibility: TFO did bind more efficiently to unfolded chromatin regions. 3/ Induction of targeted DNA damages We have studied TFO covalently linked to a cleaving agent, the phenanthroline (OP). In cells, DNA modifications occur specifically at 50% of the episomal target plasmid. We are presently running experiments on chromosomally located target sites.