Thèse soutenue

Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes

FR
Auteur / Autrice : Géraldine Pascal
Direction : Claudine Médigue
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique. Biologie structurale et génomique
Date : Soutenance en 2005
Etablissement(s) : Evry-Val d'Essonne

Mots clés

FR

Mots clés contrôlés

Résumé

FR  |  
EN

Les organismes vivants sont soumis à diverses pressions de sélection qui n'agissent pas seulement au niveau du phénotype global mais à chaque niveau de l'organisation de la cellule. Nous avons analysé la composition globale en acides aminés de l'ensemble des protéomes étudiés à l'aide, entres autres, de l'Analyse Factorielle des Correspondances et de l'outil de partitionnement, les nuées dynamiques. Ont été étudiés (i) les modèles microbiens les mieux connus, E. Coli, B. Subtilis et M. Jannaschii, (ii) un échantillon représentatif du monde procaryote de 28 organismes aux caractéristiques les plus diverses, (iii) la pathogénicité de P. Luminescens, (iv) la qualité psychrophile de la bactérie P. Haloplanktis, dont la vie à basse température est caractérisée par des protéines fortement biaisées en asparagine. Enfin, une perspective d'application aux eucaryotes simples est évoquée au regard de travaux préliminaires sur l'usage des codons de P. Marneffei, un champignon dimorphe pathogène.