Maturation de la flore intestinale chez l'enfant

• Auteur / Autrice : Fabien Magne
• Direction : Philippe Pochart
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Paris, CNAM

Mots clés

Mots clés contrôlés

Prématurés

Toxines microbiennes

Bactéries -- Métabolisme

Physiopathologie

Microbiologie

Intestins

Maladies de l'appareil digestif

Physiologie

Appareil digestif

Oligosaccharides

Résumé

Le tube digestif héberge une flore bactérienne dense et complexe. La flore intestinale exerce différentes fonctions, comme la fermentation des substrats, la production de vitamines essentielles, la stimulation du système immunitaire et la protection vis-à-vis des bactéries pathogènes (effet de barrière). Cette protection vient probablement de la compétition pour les nutriments et pour les sites d'attachement à la muqueuse, mais aussi de la production des substances inhibitrices. Chez l'enfant, la prématurité et l'alimentation sont des facteurs pouvant modifier la flore intestinale et entraîner des pathologies digestives. Au cours de ce travail, les flores intestinales chez les enfants prématurés et chez les enfants au moment du sevrage ont été étudiées grâce à des méthodes moléculaires. Au cours de l'inventaire moléculaire réalisé sur la flore fécale de 16 enfants prématurés, 288 séquences ont été analysées et OTUs. Toutes les OTUs identifiées dans cette étude correspondaient à des espèces cultivables. En effet la flore fécale de ces enfants existe une grande variabilité inter-individuelle pouvant s'expliquer par les conditions de vie particulières des prématurés (hospitalisation, poses de cathéters, antibiothérapies. . . ). Lors de l'analyse de ces échantillons de selles par électrophérèse en gradient de dénaturation thermique dans le temps (TTGE), des résultats similaires ont été obtenus. Peu d'études ont décrit la flore fécale durant la période du sevrage. Dans notre étude, la flore fécale de 11 enfants a été analysée et suivie au cours de l'allaitement maternel exclusif, puis pendant et après le sevrage. Afin d'évaluer l'impact du sevrage sur la flore fécale, un même lait artificiel a été donné à tous les enfants étudiés. Par TTGE, il a été mis en évidence que la flore bactérienne évoluait au cours du temps, mais aucun bouleversement n'a été observé lors de l'introduction des laits artificiels ou lors de l'arrêt de l'allaitement maternel. L'analyse de la diversité des bifidobactéries par TTGE a montré des résultats similaires. De plus, la quantité de bifidobactéries par TTGE a montré des résultats similaires ont été obtenus. Peu d'études ont décrit la flore fécale durant la période du sevrage. Dans notre étude, la flore fécale de 11 enfants a été analysée et suivie au cours de l'allaitement maternel exclusif, puis pendant et après le sevrage. Afin d'évaluer l'impact du sevrage sur la flore fécale, un même lait atificiel a été donné à tous les enfants étudiés. Par TTGE, il a été mis en évidence que la flore bactérienne évoluait au cours du temps, mais aucun bouleversement n'a été observé lors de l'introduction des laits artificiels ou lors de l'arrêt de l'allaitement maternel. L'analyse de la diversité des bifidobactéries par TTGE a montré des résultats similaires. De plus, la quantité de bifidobactéries déterminée par PCR compétitive ne semble pas être modifiée. Dans une autre étude, l'impact de l'administration de prébiotiques durant la période de sevrage a été étudié chez des enfants, par hybridation in situ couplée à la cytométrie en flux. Deux laits artificiels enrichis en oligosaccharides (FOS et GOS) complétés ou non avec des oligosaccharides acides (hydrolysats de pectine) ont été testés et comparés avec un lait de même composition, mais sans oligosaccharides acides (hydrolisats de pectine) ont été testés et comparés avec un lait de même composition, mais sans oligosaccharide.

The human gut harbors a dense and complex microbial community. This microbiota plays several roles, such as vitamin production, stimulation of the immune system and protection against pathogens. This protection is probably due to nutriment and binding site competitions but also to secretion of inhibitory substances. Prematurity and diet could modify infant intestinal microbiota and lead to digestive pathologies. During this thesis, fecal microbiota of preterm infants and evolution of this ecosystem during the weaning were investigated using molecular tools. 288 sequences, representing the fecal microbiota of 16 preterms infants, were classified into 25 OTUs (operational taxonomic unit). Diversity was low in each infant fecal sample: from one to eight OTUs. All these OTUs corresponded to cultivated bacteria. Actually, the genus Enterococcus and enterobacteria, facultative anaerobes, represented the dominant fraction of the bacterial community. Nevertheless, a high inter-individual variability could be observed and may come from hospitalization, catheter use, antibiothérapies. . . Similar results were obtained using temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE). Few studies investigated the fecal microbiota during the weaning period. In this study, fecal microbiota of 11 infants was followed from exclusive breastfeeding to weaning and post-weaning. In order to analyze the impact of weaning on intestinal community, the same infant formula was given to all infants. PCR-TTGE showed that gut microbiota evolved over time,nevertheless no dramatic change was observed when formula milk was introduced or when breastfeeding was stopped. Specific PCR-TTGE showed that bifidobacterial, populations followed the same pattern. Based on competitve PCR, there was no change in the counts of bifidobacteria.