Développement d'un réseau d'ADNc dédié à l'analyse du transcriptome hépatique humain : application à l'étude de la réponse du foie au cours d'évènements physiologiques et pathologiques

Development of a dedicated cDNA array for human hepatic transcriptome analysis : application to the hepatic response during physiologic and pathologic processes

• Auteur / Autrice : Cédric Coulouarn
• Direction : Jean-Philippe Salier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie cellulaire et moléculaire
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Rouen

Mots clés

Mots clés contrôlés

Foetus -- Croissance

Inflammation

Cancer

Foie

Cellules hépatiques

ADN complémentaire

ARN

Résumé

Nous avons développé une plate-forme, dédiée à l'analyse des fluctuations du transcriptome hépatique humain dans son intégralité. Celle-ci comprend notamment l'établissement d'une collection ordonnée de plus de 10000 ADNc (Liverpool) et la mise en place d'une base de données spécifique (LiverTools). Une analyse in vivo dans un contexte d'inflammation aigue͏̈ systémique a permis d'identifier la fraction du transcriptome hépatique qui fluctue avec la sévérité de l'inflammation, laquelle rend accessible l'identification de nouveaux marqueurs du syndrome inflammatoire. Une étude globale in vitro a permis d'identifier la cinétique des fluctuations du transcriptome hépatique et les contributions respectives de la transcription, de la stabilité des ARNm et la traduction, dans la régulation de synthèse des protéines de l'inflammation. Une autre étude a permis d'identifier la fraction du transcriptome hépatique qui fluctue de façon similaire dans le foie fœtal et le carcinome hépatocellulaire.

We have aimed at an extensive coverage of the liver transcriptome and we developed a dedicated Liverpool array of 10000 non-repondant cDNA probes and a LiverTools database. Inflammation-induced transcriptome changes were first studied in vivo. We identified a wealth of genes whose hepatic expression statistically correlates with the extent of inflammation. Some of the cognate proteins are secreted and may provide novel markers of clinical relevance. Next, time-course analysis of the hepatic transcriptome were performed in cytokine-challenged hepatoma cells. Transcriptional gene activity, mRNA stability and translational state, were also studied in vitro and allowed us to determine the respective contributions of these regulatory mechanisms. Another study dealt with a genome-wide comparison of gene regulation in hepatocellular carcinoma (HCC) and fetal liver (FL). Altered gene expression in HCC and FL mostly resulted in down-regulated mRNAs coding for a limited number of functions.