Caractérisation moléculaire à haut débit de la diversité phylogénétique de la microflore digestive humaine

High troughput molecular characterization of the phylogenetic diversity of human digestive microbiota

• Auteur / Autrice : Christophe Lay
• Direction : Joël Doré
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Paris 11

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cytométrie de flux

Électrophorèse sur gel

Sondes moléculaires

Clostridium

Microbiologie

Fèces

Résumé

Les sondes d'ARNr 16S, Rcal733, Edes635, Cvir1414 et Clep866 ont été développées afin de couvrir l'ensemble du sous-groupe Clostridium leptum. Un panel de sondes phylogénétiques a été appliqué à la description de la microflore fécale de sujets sains issus de 5 pays européens. 75% du nombre total de bactéries est ciblée avec ce panel. Le groupe Clostridium coccoides et le sous-groupe Clostridium leptum co-dominent et représentent plus de 50% de la microflore fécale. Des ACP ont permis d'établir l'absence de liens entre l'âge, le sexe ou l'origine géographique et la structuration de la microflore fécale. À l'aide de deux approches de séparation des bactéries du sous-groupe Clostridium leptum, 15 phylotypes distincts ont été caractérisés, parmi lesquels 6 ne sont pas ciblés avec les sondes disponibles. Le développement de sondes pour détecter ces phylotypes permettrait de quantifier leur part respective dans le '' gap '' phylogénétique identifié au sein du sous-groupe Clostridium leptum

To improve description of members of the Clostridium leptum subgroup, the Clep866, Rcal 733, Cvir1414 and Edes635 probes were developed. These probes were added to a panel of phylogenetic probes selected to describe faecal microbiota across 5 European countries. On average more than 75% of the bacterial cells were detected with the set of probes. The Clostridium coccoides group and Clostridium leptum subgroup were the main dominant groups. According to PCA, no significant grouping with respect to age or gender was observed for each country considered individually and when 5 countries were considered. No grouping with respect to geographic origin was also observed. With both separation methods of bacteria from the Clostridium leptum subgroup, 15 distinct phylotypes were identified, 6 phylotypes had mismatches with the probes described so far. The design of specific probes for each of the 6 phylotypes will determine if they could fill in the phylogenetic gap observed within this group