Etude par simulation de dynamique moléculaire de la variabilité conformationnelle du dimère de la séquence SL1 du génome de VIH-1

Conformational variability of the dimer of the SL1 sequence from the genomic RNA of HIV-1 : a molecular dynamics simulation study

• Auteur / Autrice : Samia Aci-Sèche
• Direction : Daniel Genest
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biophysique moléculaire
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Orléans
• Jury : Président / Présidente : Jacques Paoletti
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Luc Morin-Allory
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Mahmoud Ghomi, Richard Lavery

Mots clés

Mots clés contrôlés

Dimères

Dynamique moléculaire

VIH (virus)

Résumé

Le génome du VIH-1, l'agent responsable du SIDA, est composé de deux molécules identiques d'ARN liées de façon non-covalente par une région de leur extrémité 5'. Il a été montré que la tige-boucle SL1, localisée dans cette région, était capable d'initier cette dimérisation. La dimérisation constitue une étape clé du cycle de réplication du virus et fait intervenir deux types de complexe de SL1 : un « kissing-complex » et un complexe en forme de double hélice contenant deux boucles internes. Plusieurs structures contradictoires ont été publiées pour ces deux complexe, et différents mécanismes de transition entre ces complexes ont été envisagés jusque là. Ce travail a permis d'étudier la stabilité des différentes structures publiées, et en particulier de faire ressortir de l'ensemble des structures de « kissing-complex » publiées une conformation plus probable. Parallèlement, l'étude du mécanisme de transition a mis en évidence une structure intermédiaire dans ce processus. Ce travail constitue un ensemble d'informations qui pourra par la suite être utilisé pour la conceptions d'inhibiteurs de la dimérisation.