Reconstruction in silico de voies métaboliques : application aux voies glycolitiques de Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii

• Auteur / Autrice : Guillaume Meurice
• Direction : Patrick Boyaval, Lionel Frangeul
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biochimie. Biologie moléculaire et cellulaire
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : École nationale supérieure agronomique de Rennes (1961-2004)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de microbiologie

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bactéries -- Métabolisme

Propionibacterium

Bioinformatique

Résumé

Depuis la dernière décennie, la recherche en microbiologie fait face à un véritable changement qualitatif et quantitatif avec l’émergence de la génomique (qui concerne les génomes et leur analyse) et le développement de la biologie à haut débit (tous les ʺomiquesʺ). Ce changement permet d’aborder l’étude du fonctionnement cellulaire (voies de signalisations, voies métaboliques) dans sa globalité, et non plus par l’étude individuelle de ses acteurs biologiques. Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons à la reconstruction des voies métaboliques d’une bactérie d’intérêt agro-alimentaire, Propionibacterium freudenreichii subsp. Shermanii (P. Shermanii), à partir de l’analyse de son génome. La problématique de la reconstruction de voies métaboliques est double. D’une part, il faut pouvoir identifier les fonctions enzymatiques présentes dans l’organisme, ce qui se traduit par l’analyse du génome de P. Shermanii. D’autre part, il s’agit de reconstruire le réseau des voies métaboliques à partir des fonctions enzymatiques précédemment identifiées. Après avoir mis en place des méthodologies et des outils bioinformatiques permettant d’analyser les données génomiques de P. Shermanii, nous en avons reconstruit manuellement et automatiquement les voies glycolytiques (glycose et pentose phosphates).