Bases de données et systèmes à base de connaissances en systématique : application aux Gadiformes (Actinopterygii : Teleostei)

• Auteur / Autrice : Nicolas Bailly
• Direction : François Jean Meunier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Paris, Muséum national d'histoire naturelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris)
• Jury : Président / Présidente : François Jean Meunier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Philippe Labat, Eric Chenin, Jean-Claude Hureau
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Régine Vignes-Lebbe, Daniel Pauly

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bases de données

Biologie

Sciences naturelles -- Classification

Systèmes, Conception de

Informatique

Analyse cladistique

Résumé

Le présent travail montre que : a) il faut clairement différencier les outils nécessaires aux systématiciens dans leur travail quotidien de ceux dont ils peuvent se servir pour diffuser leurs résultats aux chercheurs d'autres disciplines, ou au grand public. B) les outils actuels sont peu opérationnels pour la recherche en Systématique car les structures de données sous-jacentes ne permettent pas de " manipuler " les objets du monde et les concepts définis, avec la même rigueur intellectuelle. C) à l'inverse, si la Systématique met en jeu tout un corpus de concepts et de méthodes développés au cours des ans, elle ne sait pas les définir précisément de manière formelle, ce qui rend très difficile la réalisation d'outils informatiques adaptés. Il faut donc mettre en place : a) des définitions précises de la Systématique se situant à plusieurs niveaux de discours : la Systématique en tant que 1) résultats à produire pour la société, 2) science au sein de la Biologie, 3) buts conjoncturels à atteindre en fonction de l'état d'avancement des connaissances et des développements conceptuels et méthodologiques. Il est suggéré que ce dernier type de définition devrait rester interne à la Systématique. B) des définitions formelles des objets du monde et des concepts associés (organisme, individu, spécimen, sémaphoronte, holomorphe, population, espèce, taxon) ; des concepts nomenclaturaux et taxonomiques. C) des structures de données correspondantes et utilisables par les SGBD relationnels actuels avec comme exemple l'ordre des Gadiformes. D) une " modélisation " du travail du systématicien. En conclusion, la tâche majeure de la Biologie fondamentale du 21ème siècle est de mathématiser ses concepts, soit avec des outils anciens, soit avec de nouveaux outils adaptés. Cet effort est bien sur nécessaire pour développer les outils informatiques ad hoc mais aussi, dans le but plus général de formaliser la communication entre chercheurs, le langage naturel devant servir seulement à expliquer les notions des concepts et leurs définitions formelles.

The present work shows that : a) the Taxonomists must clearly differentiate the tools they use for their daily work from those they can use to diffuse their results to the other scientists or to a large readership. B) the actual tools are weakly operational for the Systematics work because the structures of data do not allow the “manipulation” of the “objects of the world” and the definite concepts, with the same intellectual stringency. C) conversely, if Systematic use a whole corpus of concepts and methods developed along the years, we cannot define them precisely in a formal manner, and this hampers the realisation of adapted data processing tools. It is necessary to set up : a) precise definitions of Systematics for several levels of the discourse : Systematics as : 1) results to be obtained for the society, 2) a science inside Biology, 3) occasional purposes to be achieve according to the state of knowledge of the moment and of conceptual and methodological developments. It is suggested that this last type of definition could be confined inside Systematics. B) formal definitions of “objects of the world” and of the associated concepts (organism, individual, specimen, semaphoront, holomprph, population, species, taxon), an nomenclatural and taxonomic concepts. C) the corresponding structures of data and useable for the actual relational SGBD with the taxon Gadiformes as an example. D) a “modelling” of the work of the Taxonomists. To conclude, the main purpose of fundamental Biology in the 21th century is to express mathematically its own concepts either with preexisting tools, or with new adapted tools. This effort is absolutely necessary to develop the ad hoc computerized tools but, also for a general aim of formalization of the communication between scientists, the natural language that must be used to explain the notions of the concepts and their formal definitions.