Génomique fonctionnelle et marqueurs de qualité chez l'abricot

Apricot functionnal genomics and quality markers

• Auteur / Autrice : Jérôme Grimplet
• Direction : Jean-Claude Pech
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences agronomiques
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Toulouse, INPT

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéomique

Bioinformatique

Abricots

Mots clés libres

Transcriptomique

Est

Résumé

En lien avec la sélection assistée par marqueurs de la qualité des fruits chez l'abricotier (prunus armeniaca), 71 marqueurs moléculaires impliqués dans la régulation hormonale et dans le contrôle de l'acidité, du taux de sucre, de la texture, de la biosynthèse des arômes, et des pigments, ont été mis en évidence par étude conjointe de l'évolution du transcriptome et du protéome au cours de la maturation et entre génotypes contrastés. Une base de données a été construite contenant 5200 unigènes formés à partir de 18000 EST, fonctionnellement annotés et regroupés par familles multigènes. Des lames de microarray ont été construites sur lesquelles 1800 unigènes pertinents ont été déposés sous forme d'oligonucléotides 50 mères définis dan la région 3' non codante des transcrits. Celles-ci ont permis de mener l'étude de l'expression des gènes au cours du développement de la variété Bergeron et au travers différentes variétés contrastées pour la vitesse de maturation, la production d'éthylène et la couleur. L'évolution de l'abondance des protéines totales de Bergeron a été étudié au cours de son développement par électrophorèse bidimensionnelle. Pour faciliter l'identification des spots protéiques, une base de données de protéines végétales chimériques incluant les mutations spécifiques du genre Prunus au sein des séquences complètes de leurs meilleurs orthologues a été construite à partir des données EST.