Impact épidémiologique de l'infection à Pneumocystis jirovecii chez le nourrisson : apport des études moléculaires

Molecular Biology and Epidemiology of Pneumocystis jirovecii in Infants

• Auteur / Autrice : Anne Totet
• Direction : Gilles Nevez
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Parasitologie
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Amiens

Mots clés

Mots clés contrôlés

Pneumocystis

Génotype

Bronchiolite

Nourrisson

épidémiologie

Pneumonie à Pneumocystis

Résumé

Le genre Pneumocystis désigne un groupe de champignons opportunistes présentant une étroite spécificité d'hôte et déterminant lors d'immunodépression sévère une infection grave, la pneumocystose. Le concept d'un réservoir humain pour Pneumocystis jirovecii (P. Jirovecii), forme spécifique retrouvée chez l'Homme, est la base de ce travail de recherche. A l'aide de deux techniques de PCR, une nested-PCR et une PCR en temps réel, nous avons mis en évidence une forte prévalence de P. Jirovecii chez les nourrissons immunocompétents développant une bronchiolite. En raison de cette forte prévalence, l'infection à P. Jirovecii chez le nourrisson pourrait représenter la forme la plus commune des infections à P. Jirovecii dans les populations humaines. Cette infection chez le nourrisson correspond à une primo-infection, soit attestée par les données sérologiques, soit fortement suspectée en raison du jeune âge des sujets. L'analyse des séquences des ''Internal Transcribed Spacers'' 1 et 2 de l'opéron nucléaire de l'ARN ribosomique a permis de montrer que les isolats de P. Jirovecii retrouvés chez les nourrissons présentaient des caractéristiques génotypiques identiques à ceux rapportés chez les adultes immunodéprimés développant une pneumocystose. Cette communauté génotypique est en faveur de l'unicité du réservoir humain de P. Jirovecii. Les résultats de l'analyse d'un second locus, le locus de la dihydroptéroate synthétase, renforcent cette hypothèse puisqu'ils suggèrent l'existence d'une circulation de P. Jirovecii entre les deux populations d'individus infectés. Dans le but de tester l'hypothèse que ces patients puissent être une source de micro-organismes transmissibles, un test de viabilité basé sur une technique de RT-PCR ayant pour séquence cible l'ARNm du gène Phsb1 de la HSP 70 a été développé. Les résultats positifs obtenus suggèrent que P. Jirovecii puisse rester vivant en situation de transit dans les voies aériennes supérieures des nourrissons et que ceux-ci puissent en conséquence représenter des sources de P. Jirovecii potentiellement pathogène pour des individus contacts susceptibles

The genus Pneumocystis is a group of opportunistic fungi which shows strong host specificity. The microorganism is the cause of severe pneumonia in immunocompromised subjects. Today, there are available data for considering humans as their own Pneumocystis jirovecii (P. Jirovecii) reservoir. By using two PCR assays, a nested-PCR assay and a real-time PCR assay, the present work established the high prevalence of P. Jirovecii in immunocompetent infants developing bronchiolitis. This data suggest that mild P. Jirovecii infection in infants represents the most common P. Jirovecii infection among human populations. This mild infection corresponds to a primary infection, based on serological results or age-based data. The analysis of internal transcribed spacers 1 and 2 sequences has shown that P. Jirovecii organisms in infants present close genotypic features to P. Jirovecii organisms in immunossuppressed adults developing pneumocystosis. This genotypic commonality suggests the existence of a single human reservoir. The results of the analysis of a second locus, the dihydropteroate synthase locus, strengthened this hypothesis, as they suggested the existence of circulation between the two patient populations. To investigate the hypothesis that infected patients may play a role as infectious sources for P. Jirovecii, we developed an assay of P. Jirovecii viability based on an RT-PCR at the Phsb1 gene of the HSP 70. The positive results suggest that the fungus may still be viable in the course of transit within the upper respiratory tract of infants. Therefore, infants may represent infectious sources of P. Jirovecii for contact susceptible individuals