Étude du génome de la bactérie hyperthermophile Thermotoga maritima : régulateurs transcriptionnels, promoteurs forts et protéases putatives

• Auteur / Autrice : Amélie Morin
• Direction : Pierre Weigel, Frédérique Braun
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie moléculaire
• Date : Soutenance en 2003
• Etablissement(s) : Nantes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale chimie biologie (Nantes....-2008)
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Nantes. Faculté des sciences et des techniques

Mots clés

Mots clés contrôlés

Thermotoga maritima

Résumé

L'expansion de la génomique nous donne aujourd'hui accès à la séquence de 248 génomes contenant jusqu'à 60% d'ORFans, d'où la nécessité de développer des outils informatiques pour leur analyse. Dans l'objectif d'une étude à haut débit du génome de la bactérie hyperthermophile Thermotoga maritima, nous avons exploité les données du séquençage. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés au comportement du régulateur transcriptionnel ArgR, protéine très conservée dans le monde bactérien. Nous avons mis en évidence son incroyable capacité à interagir avec des opérateurs homologues ou hétérologues contenant même une seule boîte Arg, et ceci indépendamment de la présence du corépresseur, la L-arginine. Un algorithme créé au laboratoire a permis d'identifier des régions promotrices fortes dont la force de transcription a été confirmée biologiquement. Enfin, nous avons choisi d'utiliser la méthodologie des puces à protéines pour l'identification des protéases putatives de T. Maritima.

The fast growing of genomics data give us today the opportunity to analyse the sequence of 248 organisms, containing until 60% of ORFans. The analysis of such sequences requieres the development of bioinformatic tools. In order to carry on a high-throughput study of the genome of the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima, achieved in 1999, we exploited sequençing data. First, we were interested in studying the highly conserved bacterial transcriptional regulator, ArgR. We demonstrated its amazing ability to interact with full-length cognate and heterologous operators and to half-site targets, even in the absence of its L-arginine corepressor. We created an algorithm that permits to potentially identify strong promoter-regions whose transcriptional strength was experimentally confirmed. Finally, we planned to employ the protein microarray methodology for the identification ot putative proteases from T. Maritima.