Thèse soutenue

Dynamique chromosomique et duplication génique chez Streptomyces ambofaciens

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Auteur / Autrice : Virginie Roth
Direction : Pierre Leblond
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique moléculaire
Date : Soutenance en 2003
Etablissement(s) : Nancy 1
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université Henri Poincaré Nancy 1. Faculté des sciences et techniques

Résumé

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La bactérie Streptomyces ambofaciens peut être considérée comme un modèle d'étude des phénomènes d'évolution des génomes par duplication du matériel génétique. La dynamique du phénomène de duplication peut être abordée grâce à la caractérisation des réarrangements présents chez certains mutants de l'instabilité génétique de S. Ambofaciens. L'analyse des descendances de mutants, porteurs d'une fusion chromosomique, a permis de montrer que cette structure conférait un état " mutateur ", à l'origine d'une grande diversité chromosomique avec des duplications géniques. Une duplication génique, localisée dans les régions terminales du chromosome, a été impliquée dans la formation d'un réarrangement génomique. Ces gènes dupliqués hasR et hasL coderaient des facteurs sigma alternatifs, homologues du facteur sigmaB de réponse générale aux stress chez Bacillus subtilis. La duplication des gènes has chez S. Ambofaciens est un événement récent en terme évolutif, et pourrait résulter d'un réarrangement chromosomique, à l'image des réarrangements de l'instabilité génétique. L'impact de cette duplication sur l'information de l'espèce S. Ambofaciens a été recherché par deux approches. La construction de mutants, visant à associer un phénotype à la mutation de l'une voire des deux copies des gènes has, a permis de montrer que ces facteurs sigma participaient à la réponse générale aux stress. Une analyse transcriptionnelle fine a mis en évidence l'appartenance de ces deux facteurs s à un réseau de régulation complexe, avec des phénomènes d'autorégulation, de régulation croisée, d'inhibition mais aussi avec l'intervention d'autres facteurs sigma, soulignant la redondance de ces facteurs chez les Streptomyces.