Analyse in silico des îlots CpG associés aus régions promotrices des gènes de mammifères

• Auteur / Autrice : Loïc Ponger
• Direction : Dominique Mouchiroud
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie animale
• Date : Soutenance en 2003
• Etablissement(s) : Lyon 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Génétique

Mammifères

Méthylation

Bioinformatique

Résumé

La méthylation de l'ADN est une modification biochimique naturellement présente dans de nombreux organismes procaryotes et eucaryotes sous des formes et des fonctions associées très diffèrentes. Chez les vertébrés, elle est spécifique des cytosines localisées dans les dinucléotides 5'-CG-3' (CpG). Le niveau de méthylation important ainsi que le fort taux de mutation des cytosines méthylées sont supposés être à l'origine de la sous-représentation des CpG dans ces génomes. Singulièrement, certaines régions génomiques sont non-méthylées et relativement riches en CpG : les îlots CpG (CGI). L'origine et le rôle de ces structures sont encore mal connus. Au cours de cette thèse, nous avons étudié in silico les CGI humains et murins afin de déterminer les caractéristiques des gènes possédant un CGI sur leur promoteur (profil d'expression, composition en bases,. . . ) et afin de comprendre les mécanismes présidant la mise en place et le maintien de ces structures. Parallèlement, nous avons développé une méthode d'identification des promoteurs associés aux CGI, CpGProD (http://pbil. Univ-lyon1. Fr/software/cpgprod. Html)