Représentation des connaissances sur les éléments transposables (ET) des génomes eucaryotes : analyse de la distribution des ET chez Drosophila melanogaster et Caenorhabditis elegans

• Auteur / Autrice : Carène Rizzon
• Direction : Christian Biémont, Manolo Gouy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2003
• Etablissement(s) : Lyon 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Transposons

Cellules eucaryotes

Caenorhabditis elegans

Drosophila melanogaster

Résumé

Le séquençage des grands génomes eucaryotes fournit l'opportunité de mieux comprendre la nature des éléments transposables (ET). L'exploitation efficace des données de ces séquençages est bridée par le manque d'outil informatique adapté. Afin de pallier ces déficiences, nous avons représenté les connaissances sur les ET abordables via les séquences des génomes (aspects structurel, dynamique et évolutif), avec le modèle GATE (Genome Analysis for Transposable Elements), de type objet-association. L'implémentation de GATE avec le système de représentation des connaissances AROM et les données du génome de Drosophila melanogaster constitue la base de connaissances FlyGATE. Parallèlement, nous avons recherché les liens entre la distribution des ET et le taux de recombinaison le long des chromosomes de Drosophila melanogaster et de Caenorhabditis elegans, avec l'objectif de mieux comprendre les forces évolutives impliquées dans la dynamique des ET dans ces génomes