Oligonucléotides et peptides dirigés contre l'ARN TAR du VIH-1 : expression d'un aptamère in cellulo

Oligonucleotides and peptids targeted against HIV-1 TAR RNA : in cellulo expression of an aptamer

• Auteur / Autrice : Gaëlle Kolb
• Direction : Claudine Boiziau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et médicales. Biologie-Santé
• Date : Soutenance en 2003
• Etablissement(s) : Bordeaux 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Peptides

Oligonucléotides

VIH (virus)

Reproduction (biologie) -- Régulation

ARN viral

Résumé

Le virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) présente un génme ARN très structuré. Une structure située dans la région 5' promotrice de ce virus appelée TAR (''Trans-Activation Responsive element'') interagit avec fdes facteurs protéiques et provoque une transactivation de la transcription virale. Nous ciblons cet élément TAR par une méthode de sélection in vitro (SELEX). Un aptamère ARN (R06) affin et spécifique de l'ARN TAR a été identifié. Des sélections in vitro de ligands peptidiques par ''mRNA'' et ''phage display'' ont été développées contre l'élément TAR. Puis, l'aptamère R06 a été exprimé dans trois compartiments cellulaires : le cytoplasme, le noyau et le nucléole. Parallèlement cet aptamère a été testé en chimie HNA (''Hexitol Nucleic Acid'') pour son interaction avec TAR et sa capacité à inhiber la transactivation de la transcription in vitro et in cellulo.

HIV-1 contzins highly structured motifs in its RNA genome. One element refered to as TAR (Trans-Activation Responsive element) is implicated in the transactivation of viral transcription when interacting with regulatory factors. In the laboratory, we use routinely in vitro selections (SELEX) to select high affinity ligands against the TAR element. An RNA aptamer called R06 which interact tightly and specifically with TAR RNA by forming a so-called kissing complex was identified. Peptid in vitro selection by ''mRNA display'' and phage display were driven against TAR RNA. Beside, the efficiency of this aptamer in a cellular context was evaluated. On the one hand we expressed R06 into cells by targetting three compartments, namely, cytoplasm, nucleus and nucleolus. On the other hand, the evaluation of a HNA-modified version of R06 aptamer was conducted for the interaction with TAR RNA and for the ability to inhibit transactivation of transcription in vitro and in cellulo.