Etude des relations phylogénétiques entre les lentivirus des petits ruminants

Study of the phylogenetic relationships among small ruminant lentivirus

• Auteur / Autrice : Morgane Rolland
• Direction : Robert Mamoun, Gérard Perrin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et médicales. Biologie - Santé
• Date : Soutenance en 2003
• Etablissement(s) : Bordeaux 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Classification

Phylogénie

Variabilité génétique

Viroses

Mouton

Analyse cladistique

Lentivirus

Infections à Lentivirus

Résumé

Les lentivirus des petits ruminants ou SRLV (''small ruminant lentivirus'') correspondent au virus mae͏̈di visna ou MVV, qui infecte les moutons, et au virus de l'arthrite-encéphalite caprine ou CAEV (''caprine arthritis-encephalitis Virus''), qui infecte les chèvres. Pour faciliter l'étude des SRLV, nous avons immortalisé des cellules GSM (''goat synovial membrane'') par l'expression ectopique de la télomérase. La lignée cellulaire GSM T a proliféré à un rythme constant avec plus de 160 passages en culture, tout en conservaNt la morphologie des cellules GSM primaires. De plus, les cellules GSM T peuvent être infectées soit par le CAEV soit par le MVV et elles reproduisent des phénotypes cytopathiques différents de la souche virale infectante. En parallèle, nous avons optimisé des protocoles de PCR qui permettent d'amplifier l'intégralité de génomes SRLV d'origines caprine et ovine. Pour étudier les relations entre les SRLV à l'échelle mondiale, nous avons effectué des analyses phylogénétiques extensives en ajoutant aux séquences disponibles celles que nous avons caractérisées en Irlande et en Espagne. Le lentivirus irlandais, bien qu'isolé chez une chèvre, est plus proche des souches ovines MVV prototypes. Les séquences des quare lentivirus ovins espagnols se répartissent en trois clades, ce qui reflète la diversité génétique majeure des SRLV observées en Espagne. Les analyses phylogénétiques dans les régions gag, pol et env ont permis de reconsidérer la classification des SRLV, qui se répartissent en cinq clades au lieu des six précédemment décrites. Comme les SRLV ne peuvent pas être distingués phylogénétiquement en fonction de leur hôte, nous proposons d'abandonner la classification MVV/CAEV et de regrouper les lentivirus d'origines caprine et ovine sous le seul terme de SRLV.

To facilitate the study of SRLV, we established a GSM T (''goat synovial membrane'') cell line by the ectopic expression of telomerase. Cultures of GSM T cells have been passaged over 160 times without showing any phenotypic difference from the original primary GSM cells. Moreover, the immortalized GSM T cells were susceptible to infection by both CAEV and MVV and were able to propagate these viruses. We also optimized a PCR protocol to amplify the SRLV genome as a whole or with two overlapping fragments. To address the genetic diversity and relatedness among SRLV strains worldwide, we applied extensive phylogenetic methods to the sequences available together with our newly characterized sequences from Ireland and Spain. The Irish lentivirus strain, which was isolated from a goat, was more closely related to the lentivirus that infects sheep : MVV. The four Spanish ovine isolates fell in three distinct clusters, which clearly depicted the major genetic variability seen in Spain. Based on the phylogenetic analyses in the gag, pol and env regions, we revise the classification of the SRLV, which could be confidently classified into five clades rather than six as it was previously suggested. Furthermore, we observed that MVV and CAEV sequences could not be phylogenetically distinguished according to their host. Therefore, we propose to group the two viruses more appropriately as SRLV.