Diversité génétique de souches de Bradyrhizobium d'arbres de forêts tropicales humides en Guyane, en Guinée et à Madagascar

• Auteur / Autrice : José-Antonio Munive Hernandez
• Direction : Bernard Dreyfus, Philippe de Lajudie
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences. Écologie microbienne
• Date : Soutenance en 2002
• Etablissement(s) : Lyon 1
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Bernard Dreyfus, Philippe de Lajudie

Mots clés

Mots clés contrôlés

Fabacées

Nodosités (botanique)

ARN ribosomiques

Analyse cladistique

Génétique

Variabilité

Bradyrhizobium

Guyane

Guinée

Madagascar

Forêts pluviales

Résumé

Les forêts tropicales persistantes sont caractérisées par des températures et des taux d'humidité élévés toute l'année, des sols pauvres et une grande variété végétale. Ces forêts hébergent de nombreux arbres de la famille des légumineuses dont de nombreuses espèces capables d'établir une association symbiotique avec des rhizobia (bactéries fixatrices d'azote). L'objectif de notre travail à consisté à caractériser et comparer la diversité des rhizobia isolés de for^ets tropicales humides dans trois régions différentes du monde (Guinée, Madagascar et Guyane). Parmi les espèces d'arbres que nous avons étudié 20 sont décrites ici pour la première fois comme nodulées. Un total de 73 isolats de nodules racinaires ont été obtenus à partir de 27 espèces d'arbres de la forêt tropicale humide (9 tribus, 3 sous-famille de Leguminosae). La diversité génétique de ces isolats a été analysée par séquençage partiel de la région intergénique ADNr 16S-23S. Les résultats ont montré que les 62 nouveaux isolats à croissance lente appartiennent au genre Bradyrhizobium, tandis que les 11 isolats à croissance rapide appartiennent aux genres Rhizobium, Mesorhizobium, Sinorhizobium, Azorhizobium et Burkholderia. Parmi les Bradyrhizobium isolés plusieures espèces génomiques ont été reconnues, 11 correspondent à des espèces précédemment décrites et au moins 5 à des nouvelles espèces génomiques. L'isolement des deux genres particuliers des bactéries a été surprenant: 1)Azorhizobium, décrit comme un symbiote de Sesbaniarostrata au Sénégal et de Sesbania virgata au Brésil, a été isolé des plantes de Dalbergia. 2) Burkholderia, appartenant à la sous-classe β de Proteobacteria, a été isolé de Machaerium en Guyane. Les souches de Bradyrhizobium les plus performantes ont été selectionnées pour l'inoculation de pépinières forestières. Cette sélection a permis la préparation d'inocula utilisables en foresterie pour restauration de forêts tropicales en voie de disparition. L'inoculation en pépinière de différentes espèces d'arbres avec des souches sélectionnées de Bradyhizobium a permis d'obtenir une augmentation significative de la croissance des plantes.