Apport de la pyrolyse à la chimiotaxonomie des bactéries : application à l'identification des corynébactéries

• Auteur / Autrice : Sébastien Voisin
• Direction : François Renaud, Daniel Deruaz
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences. Chimie analytique et bactériologique
• Date : Soutenance en 2002
• Etablissement(s) : Lyon 1
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : François Renaud, Daniel Deruaz

Mots clés

Mots clés contrôlés

Pyrolyse

Corynébactéries

Chromatographie en phase gazeuse

Chimiotaxinomie

Résumé

Nous avons voulu caractériser des bactéries par une nouvelle méthode chimiotaxonomique, le couplage pyrolyse, chromatographie gazeuse et détection d'émission atomique (Py-GC-AED). Depuis 1965, de nombreuses publications rapportent des résultats pertinents obtenus par comparaison des profils de pyrolyse de cellules entières ou de fragments bactériens. Deux systèmes de détection pouvaient être couplés à ces pyrolyses: une séparation par chromatographie gazeuse et détection par une flamme ionisante (GC-FID), ou un spectromètre de masse avec ou sans séparation (MS ou GC-MS). Ces méthodes sont une alternative efficace, ou du moins un complément utile aux méthodes phénotypiques ou génotypiques usuelles. La pyrolyse a permis l'étude taxonomique de genres peu connus, la surveillance épidémiologique de souches nosocomiales, ou la détection de changements métaboliques, par exemple sous l'influence d'un antibiotique. Pour comparer plusieurs souches de corynébactéries, nous avons utilisé la pyrolyse de bactéries entières à 510°C, une détection simultanée des produits carbonés, soufrés ou azotés au moyen de l'AED, et une analyse statistique des profils par le programme Taxotron(R). Répétabilité et reproductibilité de la méthode semblent satisfaisantes, mais notre technique, basée sur la chimie, est sensible aux contaminations de tout ordre. Nous avons notamment séparé 29 souches de C. Amycolatum de 23 souches appartenant à 4 espèces génétiquement ou phénotypiquement proches: C. Xerosis, C. Frenevi, C striatum et C. Minutissimum. Nos résultats sont en accord avec les données taxonomiques connues. Dans un deuxième temps, nous avons utilisé la pyrolyse d'ADN total avec GC-MS ou GC-AED, pour caractériser des staphylocoques ou des mycobactéries. Pour les deux genres étudiés, une identification au niveau de l'espèce semble possible, mais pas l'épidémiologie, du moins pas pour l'instant.